Whole exome sequencing identifies FOXL2, FOXA2 and FOXA3 as candidate genes for monogenic congenital anomalies of the kidneys and urinary tract.
Whole exome sequencing identifies FOXL2, FOXA2 and FOXA3 as candidate genes for monogenic congenital anomalies of the kidneys and urinary tract.
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全外显子组测序将 FOXL2、FOXA2 和 FOXA3 确定为肾脏和泌尿道单基因先天性异常的候选基因
DOI：
10.1093/ndt/gfab253
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hildebrandt F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng B;Seltzsam S;Wang C;Schierbaum L;Schneider S;Connaughton DM;Nakayama M;Mann N;Stajic N;Mane S;Bauer SB;Tasic V;Nam HJ;Shril S;Hildebrandt F
背景先天性肾脏和尿路异常 (CAKUT) 是生命前三十年慢性肾脏疾病的最常见原因。四种叉头盒 (FOX) 转录因子的变异体与 CAKUT 相关。我们假设其他 FOX 基因，如果在发育中的肾脏中高表达，也可能代表 CAKUT 的单基因原因。方法我们在这里对 541 个患有 CAKUT 的家族进行全外显子组测序 (WES)，并生成了四个 CAKUT 候选基因列表：(A) 36 个 FOX 基因在肾脏发育过程中表现出高表达，(B) 4 个已知导致 CAKUT 验证列表 A 的 FOX 基因，(C) 我们确定为独特的潜在新颖的 80 个基因在 541 个 CAKUT 家族中执行 WES 时的 CAKUT 候选基因和 (D) 从 WES 中鉴定出的 175 个基因作为多个潜在的新型 CAKUT 候选基因。结果为了优先考虑 FOX 基因家族中潜在的新型 CAKUT 候选基因，我们将 36 个 FOX 基因（列表 A）与 WES 衍生的 CAKUT 候选列表 C 和 D 重叠。与列表 C 相交，在眼睑异常和肾盂输尿管连接部梗阻的患者中发现了新的 FOXL2 框内缺失，在马蹄肾患者中发现了纯合 FOXA2 错义变异。与列表D的交叉在具有多个受影响个体的CAKUT家族中鉴定出杂合FOXA3错义变异。结论我们特此将FOXL2、FOXA2和FOXA3鉴定为CAKUT的新单基因候选基因，支持基于旁系同源的方法发现与人类疾病相关的突变基因的实用性。
BackgroundCongenital anomalies of the kidneys and urinary tract (CAKUT) constitute the most common cause of chronic kidney disease in the first three decades of life. Variants in four Forkhead box (FOX) transcription factors have been associated with CAKUT. We hypothesized that otherFOXgenes, if highly expressed in developing kidneys, may also represent monogenic causes of CAKUT.MethodsWe here performed whole-exome sequencing (WES) in 541 families with CAKUT and generated four lists of CAKUT candidate genes: (A) 36FOXgenes showing high expression during renal development, (B) 4FOXgenes known to cause CAKUT to validate list A, (C) 80 genes that we identified as unique potential novel CAKUT candidate genes when performing WES in 541 CAKUT families and (D) 175 genes identified from WES as multiple potential novel CAKUT candidate genes.ResultsTo prioritize potential novel CAKUT candidates in theFOXgene family, we overlapped 36FOXgenes (list A) with lists C and D of WES-derived CAKUT candidates. Intersection with list C identified ade novo FOXL2in-frame deletion in a patient with eyelid abnormalities and ureteropelvic junction obstruction, and a homozygousFOXA2missense variant in a patient with horseshoe kidney. Intersection with list D identified a heterozygousFOXA3missense variant in a CAKUT family with multiple affected individuals.ConclusionsWe hereby identifiedFOXL2,FOXA2andFOXA3as novel monogenic candidate genes of CAKUT, supporting the utility of a paralog-based approach to discover mutated genes associated with human disease.
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人类突变研究文章 Sox17 突变与肾脏和尿路先天性异常有关
DOI：
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发表时间：
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期刊：
影响因子：
--
作者：
S. Gimelli;G. Caridi;G. Ghiggeri;M. Passos
通讯作者：
M. Passos
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作者：
Giri, Dinesh;Vignola, Maria Lillina;Senniappan, Senthil
通讯作者：
Senniappan, Senthil
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van der Ven, Amelie T.;Connaughton, Dervla M.;Hildebrandt, Friedhelm
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Hildebrandt, Friedhelm
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16
作者：
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通讯作者：
Zaret KS
DOI：
10.1038/s41436-020-0844-z
发表时间：
2020-10
期刊：
Genetics in medicine : official journal of the American College of Medical Genetics
影响因子：
--
作者：
Wu CW;Mann N;Nakayama M;Connaughton DM;Dai R;Kolvenbach CM;Kause F;Ottlewski I;Wang C;Klämbt V;Seltzsam S;Lai EW;Selvin A;Senguttuva P;Bodamer O;Stein DR;El Desoky S;Kari JA;Tasic V;Bauer SB;Shril S;Hildebrandt F
通讯作者：
Hildebrandt F