Dual proteome-scale networks reveal cell-specific remodeling of the human interactome.
Dual proteome-scale networks reveal cell-specific remodeling of the human interactome.
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DOI：
10.1016/j.cell.2021.04.011
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发表时间：
2021-05-27
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Gygi SP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huttlin EL;Bruckner RJ;Navarrete-Perea J;Cannon JR;Baltier K;Gebreab F;Gygi MP;Thornock A;Zarraga G;Tam S;Szpyt J;Gassaway BM;Panov A;Parzen H;Fu S;Golbazi A;Maenpaa E;Stricker K;Guha Thakurta S;Zhang T;Rad R;Pan J;Nusinow DP;Paulo JA;Schweppe DK;Vaites LP;Harper JW;Gygi SP
成千上万的相互作用将蛋白质组装成模块，赋予细胞蛋白质组空间和功能组织。通过亲和纯化质谱，我们已经创建了两个蛋白质组规模的细胞系特异性相互作用网络。第一个是BioPhase 3.0，来自293 T细胞中10，128种人类蛋白质（蛋白质组的一半）的亲和纯化，包括14，586种蛋白质之间的118，162种相互作用。第二个结果来自HCT 116细胞中的5，522个免疫沉淀。这些网络模型的相互作用，其结构编码蛋白质的功能，定位和复杂的成员。跨细胞系的比较验证了数千种相互作用，并揭示了广泛的定制。虽然共享的相互作用存在于核心复合物中，并涉及必需的蛋白质，但细胞特异性相互作用将这些复合物连接起来，在每个细胞的相互作用组内“重新布线”子网络。当蛋白质组重塑以产生每个细胞的表型时，具有共同功能的蛋白质之间的相互作用是共变的。这些网络可通过BioPlexExplorer在线交互查看，定义了蛋白质组组织的原则并实现了未知蛋白质的表征。跨两个细胞系的大规模蛋白质-蛋白质相互作用的比较分析突出了功能网络如何排列的上下文特异性相互作用和蛋白质组规模的变化。
Thousands of interactions assemble proteins into modules that impart spatial and functional organization to the cellular proteome. Through affinity-purification mass spectrometry, we have created two proteome-scale, cell-line-specific interaction networks. The first, BioPlex 3.0, results from affinity purification of 10,128 human proteins – half the proteome – in 293T cells and includes 118,162 interactions among 14,586 proteins. The second results from 5,522 immunoprecipitations in HCT116 cells. These networks model the interactome whose structure encodes protein function, localization, and complex membership. Comparison across cell lines validates thousands of interactions and reveals extensive customization. While shared interactions reside in core complexes and involve essential proteins, cell-specific interactions link these complexes, ‘rewiring’ subnetworks within each cell’s interactome. Interactions covary among proteins of shared function as the proteome remodels to produce each cell’s phenotype. Viewable interactively online through BioPlexExplorer, these networks define principles of proteome organization and enable unknown protein characterization. Comparative analysis of large scale protein-protein interactions across two cell lines highlights context-specific interactions and proteome-scale shifts in how functional networks are arranged.
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