An orthogonal active site identification system (OASIS) for proteomic profiling of natural product biosynthesis.
An orthogonal active site identification system (OASIS) for proteomic profiling of natural product biosynthesis.
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DOI：
10.1021/cb9002128
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发表时间：
2009-11-20
影响因子：
4
通讯作者：
Burkart, Michael D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meier, Jordan L.;Niessen, Sherry;Hoover, Heather S.;Foley, Timothy L.;Cravatt, Benjamin F.;Burkart, Michael D.
多酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)生物合成途径的遗传学研究与我们对它们在生命系统中的调节、相互作用和活性的理解之间存在着显著的差距。为了弥补这一差距，我们提出了一个用于PKS/NRPS生物合成酶的蛋白质组学鉴定和分析的正交活性位点鉴定系统(OASIS)。OASIS探针针对PKS/NRPS活性位点的保守特征，提供基于活性的模块合酶丰富，然后通过多维蛋白质识别技术(MudPIT)LC-MS/MS分析。当应用于模式细菌枯草芽孢杆菌时，这种功能蛋白质组学方法可以检测并定量有机体中的所有四种模块合成酶。此外，多个OASIS探针的串联应用增强了从复杂蛋白质组混合物中识别特定的PKS/NRPS模块。通过扩展PKS/NRPS酶的蛋白质组学分析的动态范围，OASIS为菌株比较、培养条件优化和酶的发现提供了一个有价值的工具。
A significant gap exists between genetics-based investigations of polyketide synthases (PKS) and nonribosomal peptide synthetase (NRPS) biosynthetic pathways and our understanding of their regulation, interaction, and activity in living systems. To help bridge this gap, here we present an Orthogonal Active Site Identification System (OASIS) for the proteomic identification and analysis of PKS/NRPS biosynthetic enzymes. OASIS probes target conserved features of PKS/NRPS active-sites to provide activity-based enrichment of modular synthases, followed by analysis through multidimensional protein identification technology (MudPIT) LC-MS/MS analysis. When applied to the model bacterium Bacillus subtilis, this functional proteomics method detects and quantifies all four modular synthases in the organism. Furthermore, tandem application of multiple OASIS probes enhances identification of specific PKS/NRPS modules from complex proteomic mixtures. By expanding the dynamic range of proteomic analysis for PKS/NRPS enzymes, OASIS offers a valuable tool for strain comparison, culture condition optimization, and enzyme discovery.
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DOI：
10.1073/pnas.0610503104
发表时间：
2007-01-30
影响因子：
11.1
作者：
Butcher, Rebecca A.;Schroeder, Frank C.;Clardy, Jon
通讯作者：
Clardy, Jon
DOI：
10.1073/pnas.212382199
发表时间：
2002-10-29
影响因子：
11.1
作者：
Schwarzer, D;Mootz, HD;Marahiel, MA
通讯作者：
Marahiel, MA
影响因子：
7.4
作者：
Liu, HB;Sadygov, RG;Yates, JR
通讯作者：
Yates, JR
影响因子：
3.2
作者：
NAKANO, MM;MARAHIEL, MA;ZUBER, P
通讯作者：
ZUBER, P
影响因子：
15
作者：
Clarke, KM;Mercer, AC;Burkart, MD
通讯作者：
Burkart, MD