A splice junction-targeted CRISPR approach (spJCRISPR) reveals human FOXO3B to be a protein-coding gene.
A splice junction-targeted CRISPR approach (spJCRISPR) reveals human FOXO3B to be a protein-coding gene.
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DOI：
10.1016/j.gene.2018.06.048
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发表时间：
2018-10-05
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Paik J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Santo EE;Paik J
CRISPR技术的快速发展正在彻底改变分子方法来解剖复杂的生物现象。在这里，我们描述了另一种普遍适用的CRISPR-Cas9系统的实现，它允许选择性地敲低极端同源的基因。该策略采用慢病毒递送成对的sgrna和Cas9D10A来实现剪接连接的靶向删除。与标准的单导外显子靶向CRISPR-Cas9相比，这种通用策略具有几个优势，例如大大减少脱靶效应，更严格的基因组编辑，常规破坏靶基因mRNA表达以及区分密切相关基因的能力。在这里，我们通过实现高度同源的人类基因FOXO3A和可疑的假基因FOXO3B的选择性敲除，证明了这种策略的实用性。我们发现spJCRISPR策略可以有效和选择性地破坏FOXO3A和FOXO3B mRNA和蛋白的表达；从而揭示了人类FOXO3B基因座编码一个真正的人类基因。与FOXO3A不同，我们发现FOXO3B蛋白在存在或不存在活性Akt的情况下都是细胞内定位的。选择性靶向和有效破坏密切相关的FOXO3A和FOXO3B基因表达的能力证明了spJCRISPR方法的有效性。
The rapid development of CRISPR technology is revolutionizing molecular approaches to the dissection of complex biological phenomena. Here we describe an alternative generally applicable implementation of the CRISPR-Cas9 system that allows for selective knockdown of extremely homologous genes. This strategy employs the lentiviral delivery of paired sgRNAs and nickase Cas9 (Cas9D10A) to achieve targeted deletion of splice junctions. This general strategy offers several advantages over standard single-guide exon-targeting CRISPR-Cas9 such as greatly reduced off-target effects, more restricted genomic editing, routine disruption of target gene mRNA expression and the ability to differentiate between closely related genes. Here we demonstrate the utility of this strategy by achieving selective knockdown of the highly homologous human genes FOXO3A and suspected pseudogene FOXO3B. We find the spJCRISPR strategy to efficiently and selectively disrupt FOXO3A and FOXO3B mRNA and protein expression; thus revealing that the human FOXO3B locus encodes a bona fide human gene. Unlike FOXO3A, we find the FOXO3B protein to be cytosolically localized in both the presence and absence of active Akt. The ability to selectively target and efficiently disrupt the expression of the closely-related FOXO3A and FOXO3B genes demonstrates the efficacy of the spJCRISPR approach.
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影响因子：
64.5
作者：
Brunet, A;Bonni, A;Greenberg, ME
通讯作者：
Greenberg, ME
遗传变化塑造了人脑。
影响因子：
11.8
作者：
Bae BI;Jayaraman D;Walsh CA
通讯作者：
Walsh CA
影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE
DOI：
10.1038/nrd.2016.238
发表时间：
2017-02
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
Fellmann C;Gowen BG;Lin PC;Doudna JA;Corn JE
通讯作者：
Corn JE
影响因子：
64.5
作者：
Hsu PD;Lander ES;Zhang F
通讯作者：
Zhang F