A computational approach for genome-wide mapping of splicing factor binding sites.
A computational approach for genome-wide mapping of splicing factor binding sites.
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DOI：
10.1186/gb-2009-10-3-r30
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Mandel-Gutfreund Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Akerman M;David-Eden H;Pinter RY;Mandel-Gutfreund Y
提出了一种考虑基因组环境和进化守恒的剪接因子结合位点全基因组定位计算方法。选择性剪接是由剪接因子调控的，剪接因子作为积极或消极的效应子，与外显子和内含子的调控元件相互作用。在这里，我们提出了一种新的计算方法，用于剪接因子结合位点的全基因组定位，该方法考虑了基因组环境和调节元件的进化保护。该方法被应用于研究不同选择性剪接事件的调控，揭示了剪接因子之间有趣的相互作用网络。
A computational method is presented for genome-wide mapping of splicing factor binding sites that considers both the genomic environment and evolutionary conservation. Alternative splicing is regulated by splicing factors that serve as positive or negative effectors, interacting with regulatory elements along exons and introns. Here we present a novel computational method for genome-wide mapping of splicing factor binding sites that considers both the genomic environment and the evolutionary conservation of the regulatory elements. The method was applied to study the regulation of different alternative splicing events, uncovering an interesting network of interactions among splicing factors.
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Conboy, John G