MISTIC: Mutual information server to infer coevolution.
MISTIC: Mutual information server to infer coevolution.
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DOI：
10.1093/nar/gkt427
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Marino Buslje C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Simonetti FL;Teppa E;Chernomoretz A;Nielsen M;Marino Buslje C
MISTIC（推断共同进化的互信息服务器）是一个网络服务器，用于以图形方式表示 MSA（多序列比对）中包含的信息，也是蛋白质家族互信息网络的完整分析工具。服务器使用 circos 表示输出多个信息相关量的图形可视化。这提供了 MSA 的综合视图，包括 (i) 残基对之间的互信息 (MI)、(ii) 序列保守性和 (iii) 残基累积和邻近 MI 分数。此外，还提供了一个交互式界面来探索和表征 MI 网络。提供了多种工具用于从网络中选择节点子集以进行可视化。可以设置节点着色以匹配不同的属性，例如保守性、累积 MI、邻近 MI 和二级结构。最后，可以下载包含所有结果的 zip 文件。该服务器位于 http://mistic.leloir.org.ar。总之，MISTIC 允许以任何其他公开可用的 Web 服务器独有的方式对 MSA 中包含的信息进行全面、紧凑、视觉丰富的视图。特别是，MI 网络的 circos 表示的使用以及累积 MI 和邻近 MI 概念的可视化是新颖的。
MISTIC (mutual information server to infer coevolution) is a web server for graphical representation of the information contained within a MSA (multiple sequence alignment) and a complete analysis tool for Mutual Information networks in protein families. The server outputs a graphical visualization of several information-related quantities using a circos representation. This provides an integrated view of the MSA in terms of (i) the mutual information (MI) between residue pairs, (ii) sequence conservation and (iii) the residue cumulative and proximity MI scores. Further, an interactive interface to explore and characterize the MI network is provided. Several tools are offered for selecting subsets of nodes from the network for visualization. Node coloring can be set to match different attributes, such as conservation, cumulative MI, proximity MI and secondary structure. Finally, a zip file containing all results can be downloaded. The server is available at http://mistic.leloir.org.ar. In summary, MISTIC allows for a comprehensive, compact, visually rich view of the information contained within an MSA in a manner unique to any other publicly available web server. In particular, the use of circos representation of MI networks and the visualization of the cumulative MI and proximity MI concepts is novel.
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