Spatial intratumoral heterogeneity and temporal clonal evolution in esophageal squamous cell carcinoma.
Spatial intratumoral heterogeneity and temporal clonal evolution in esophageal squamous cell carcinoma.
复制标题
食管鳞状细胞癌的空间瘤内异质性和时间克隆进化
DOI：
10.1038/ng.3683
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发表时间：
2016-12
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Koeffler, H. Phillip
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hao, Jia-Jie;Lin, De-Chen;Dinh, Huy Q.;Mayakonda, Anand;Jiang, Yan-Yi;Chang, Chen;Jiang, Ye;Lu, Chen-Chen;Shi, Zhi-Zhou;Xu, Xin;Zhang, Yu;Cai, Yan;Wang, Jin-Wu;Zhan, Qi-Min;Wei, Wen-Qiang;Berrnan, Benjamin P.;Wang, Ming-Rong;Koeffler, H. Phillip
食管鳞状细胞癌（ESCC）是最常见的恶性肿瘤之一，但其空间异质性（ITH）和时间克隆进化过程知之甚少。为了解决这个问题，我们对13例ESCC的51个肿瘤区域进行了多区域全外显子组测序，并对其中3例进行了多区域全局甲基化分析。我们发现平均35.8%的异质性体细胞突变与ITH的强有力的证据。一半的驱动突变位于分支靶向癌基因，包括PIK3CA，NFE2L2，MTOR等，相比之下，大多数的树干和克隆的驱动突变发生在肿瘤抑制基因，包括TP53，KMT2D，ZNF 750等有趣的是，表观遗传树的拓扑结构的系统发育，表明遗传和表观遗传改变之间的可能关系。我们的空间ITH和克隆进化的综合调查提供了一个重要的分子基础，以加强对肿瘤的发生和发展的ESCC的理解。
Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is among the most common malignancies, but little is known about its spatial intratumor heterogeneity (ITH) and temporal clonal evolutionary processes. To address this, we performed multiregion whole-exome sequencing on 51 tumor regions from 13 ESCCs, and multiregion global methylation profiling on three of these 13 cases. We found an average of 35.8% heterogeneous somatic mutations with strong evidence of ITH. Half of driver mutations located on the branches targeted oncogenes, including PIK3CA, NFE2L2, MTOR, etc. By contrast, the majority of truncal and clonal driver mutations occurred in tumor suppressor genes, including TP53, KMT2D, ZNF750, etc. Interestingly, the phyloepigenetic trees robustly recapitulated the topologic structures of the phylogenetic ones, indicating the possible relationship between genetic and epigenetic alterations. Our integrated investigations of the spatial ITH and clonal evolution provide an important molecular foundation for enhanced understanding of the tumorigenesis and progression of ESCC.
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DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
6.4
作者：
Jao, Tzu-Ming;Tsai, Ming-Hong;Yang, Ya-Chien
通讯作者：
Yang, Ya-Chien
DOI：
10.1126/science.1253462
发表时间：
2014-10-10
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
de Bruin EC;McGranahan N;Mitter R;Salm M;Wedge DC;Yates L;Jamal-Hanjani M;Shafi S;Murugaesu N;Rowan AJ;Grönroos E;Muhammad MA;Horswell S;Gerlinger M;Varela I;Jones D;Marshall J;Voet T;Van Loo P;Rassl DM;Rintoul RC;Janes SM;Lee SM;Forster M;Ahmad T;Lawrence D;Falzon M;Capitanio A;Harkins TT;Lee CC;Tom W;Teefe E;Chen SC;Begum S;Rabinowitz A;Phillimore B;Spencer-Dene B;Stamp G;Szallasi Z;Matthews N;Stewart A;Campbell P;Swanton C
通讯作者：
Swanton C
影响因子：
30.8
作者：
Lin DC;Hao JJ;Nagata Y;Xu L;Shang L;Meng X;Sato Y;Okuno Y;Varela AM;Ding LW;Garg M;Liu LZ;Yang H;Yin D;Shi ZZ;Jiang YY;Gu WY;Gong T;Zhang Y;Xu X;Kalid O;Shacham S;Ogawa S;Wang MR;Koeffler HP
通讯作者：
Koeffler HP
影响因子：
28.2
作者：
Agrawal N;Jiao Y;Bettegowda C;Hutfless SM;Wang Y;David S;Cheng Y;Twaddell WS;Latt NL;Shin EJ;Wang LD;Wang L;Yang W;Velculescu VE;Vogelstein B;Papadopoulos N;Kinzler KW;Meltzer SJ
通讯作者：
Meltzer SJ