Comprehensive Classification of Retinal Bipolar Neurons by Single-Cell Transcriptomics.
Comprehensive Classification of Retinal Bipolar Neurons by Single-Cell Transcriptomics.
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DOI：
10.1016/j.cell.2016.07.054
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发表时间：
2016-08-25
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Sanes, Joshua R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shekhar, Karthik;Lapan, Sylvain W.;Whitney, Irene E.;Tran, Nicholas M.;Macosko, Evan Z.;Kowalczyk, Monika;Adiconis, Xian;Levin, Joshua Z.;Nemesh, James;Goldman, Melissa;McCarroll, Steven A.;Cepko, Constance L.;Regev, Aviv;Sanes, Joshua R.
基因表达模式可用于表征和分类神经元类型。然而，要生成满足以下基本标准的分类法是具有挑战性的：全面的，与传统的分类方案相协调，并且没有对真正类型的多余细分。为了解决这些挑战，我们使用了大规模并行的单细胞RNA分析和优化的计算方法对一个异质类的神经元，小鼠视网膜双极细胞（BC）。从约25，000个BC的群体中，我们得出了一个分子分类，确定了15种类型，包括以前观察到的所有类型，以及两种新类型，其中一种具有非典型的形态和位置。我们验证了分类方案，并使用将分子表达与细胞形态相匹配的方法鉴定了数十种新标记。这项工作提供了一个系统的方法，实现全面的神经元分子分类，确定新的神经元类型，并揭示转录差异，区分类内的类型。视网膜双极细胞的单细胞转录组测序揭示了已知和新的类型，包括具有非典型形态的类型。
Patterns of gene expression can be used to characterize and classify neuronal types. It is challenging, however, to generate taxonomies that fulfill the essential criteria of being comprehensive, harmonizing with conventional classification schemes, and lacking superfluous subdivisions of genuine types. To address these challenges, we used massively parallel single-cell RNA profiling and optimized computational methods on a heterogeneous class of neurons, mouse retinal bipolar cells (BCs). From a population of ~25,000 BCs we derived a molecular classification that identified 15 types including all types observed previously, and two novel types, one of which has a non-canonical morphology and position. We validated the classification scheme and identified dozens of novel markers using methods that match molecular expression to cell morphology. This work provides a systematic methodology for achieving comprehensive molecular classification of neurons, identifies novel neuronal types, and uncovers transcriptional differences that distinguish types within a class. Single-cell transcriptome sequencing of retinal bipolar cells reveals known and new types including one with a non-canonical morphology.
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DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
DOI：
10.1073/pnas.1507125112
发表时间：
2015-06-09
影响因子：
11.1
作者：
Darmanis S;Sloan SA;Zhang Y;Enge M;Caneda C;Shuer LM;Hayden Gephart MG;Barres BA;Quake SR
通讯作者：
Quake SR
影响因子：
48
作者：
Cai D;Cohen KB;Luo T;Lichtman JW;Sanes JR
通讯作者：
Sanes JR
影响因子：
5.3
作者：
Borghuis, Bart G.;Looger, Loren L.;Demb, Jonathan B.
通讯作者：
Demb, Jonathan B.
影响因子：
5.3
作者：
Haverkamp, S;Wässle, H;Euler, T
通讯作者：
Euler, T