A custom capture sequence approach for oculocutaneous albinism identifies structural variant alleles at the OCA2 locus.
A custom capture sequence approach for oculocutaneous albinism identifies structural variant alleles at the OCA2 locus.
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眼形白化病的自定义捕获序列方法可以确定OCA2基因座的结构变体等位基因。
DOI：
10.1002/humu.24257
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发表时间：
2021-10
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Adams DR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Loftus SK;Lundh L;Watkins-Chow DE;Baxter LL;Pairo-Castineira E;Nisc Comparative Sequencing Program;Jackson IJ;Oetting WS;Pavan WJ;Adams DR
眼皮肤白化病 (OCA) 是一种遗传性色素生成障碍，表现为色素沉着不足和眼睛发育改变。已知 OCA 基因的外显子测序未能成功为大量受影响个体提供完整的分子诊断。我们使用短读长定制捕获测序对 OCA 个体的 DNA 进行测序，该测序针对已知 OCA 基因的编码、内含子和非编码调控区域以及 GWAS 相关色素沉着位点。我们鉴定了 OCA2 复合体结构变体 (CxSV)，其定义为在天然位置上游的内含子 1 中重新引入的 143kb 反向片段。在筛选的 11/390 先证者中观察到相应的 CxSV 连接。 143kb CxSV 在一个家族中作为 143kb 区域的拷贝数变异 (CNV) 重复出现。在其余的 10/11 家族中，143kb CxSV 在同一区域获得了额外的 184kb 缺失，将 OCA2 的外显子 3-19 恢复到拷贝数中性状态。等位基因相关单倍型分析发现罕见的 SNV rs374519281 和 rs139696407 与两个 OCA2 等位基因中的 143kb CxSV 相关。对于常规分子评估未揭示双等位基因 OCA 诊断的个体，我们建议对这些单倍型相关的罕见变异进行初步筛查，然后对 OCA2 143kb CxSV 进行连接特异性验证。
Oculocutaneous albinism (OCA) is a heritable disorder of pigment production that manifests as hypopigmentation and altered eye development. Exon sequencing of known OCA genes is unsuccessful in producing a complete molecular diagnosis for a significant number of affected individuals. We sequenced the DNA of individuals with OCA using short-read custom capture sequencing that targeted coding, intronic and non-coding regulatory regions of known OCA genes and GWAS-associated pigmentation loci. We identified an OCA2 complex structural variant (CxSV), defined by a 143kb inverted segment reintroduced in intron 1, upstream of the native location. The corresponding CxSV junctions were observed in 11/390 probands screened. The 143kb CxSV presents in one family as a copy number variant (CNV) duplication for the 143kb region. In the remaining 10/11 families, the 143kb CxSV acquired an additional 184kb deletion across the same region, restoring exons 3–19 of OCA2 to a copy-number neutral state. Allele-associated haplotype analysis found rare SNVs rs374519281 and rs139696407 are linked with the 143kb CxSV in both OCA2 alleles. For individuals in which customary molecular evaluation does not reveal a biallelic OCA diagnosis, we recommend preliminary screening for these haplotype-associated rare variants, followed by junction-specific validation for the OCA2 143kb CxSV.
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DOI：
10.3109/13816819009020979
发表时间：
1990-09-01
期刊：
OPHTHALMIC PAEDIATRICS AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
CREEL, DJ;SUMMERS, CG;KING, RA
通讯作者：
KING, RA
影响因子：
4.3
作者：
Jagirdar, Kasturee;Smit, Darren J.;Sturm, Richard A.
通讯作者：
Sturm, Richard A.
影响因子：
9.8
作者：
Duffy, David L.;Montgomery, Grant W.;Sturm, Richard A.
通讯作者：
Sturm, Richard A.
一项全基因组关联研究确定了与头发颜色和皮肤色素沉着相关的新等位基因。
影响因子：
4.5
作者：
Han, Jiali;Kraft, Peter;Nan, Hongmei;Guo, Qun;Chen, Constance;Qureshi, Abrar;Hankinson, Susan E.;Hu, Frank B.;Duffy, David L.;Zhao, Zhen Zhen;Martin, Nicholas G.;Montgomery, Grant W.;Hayward, Nicholas K.;Thomas, Gilles;Hoover, Robert N.;Chanock, Stephen;Hunter, David J.
通讯作者：
Hunter, David J.
影响因子：
4
作者：
Galvan-Femenia, Ivan;Obon-Santacana, Mireia;de Cid, Rafael
通讯作者：
de Cid, Rafael