Current proteomics methods applicable to dissecting the DNA damage response.
Current proteomics methods applicable to dissecting the DNA damage response.
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DNA损伤反应（DDR）涉及DNA修复中的蛋白质和蛋白质复合物的重组。这些蛋白质组变化的协调调节维持了基因组的稳定性。传统上，DDR的监管机构和中介机构都是单独调查的。然而，基于质谱（MS）的蛋白质组学的最新进展使我们能够在全球范围内量化细胞中蛋白质丰度、翻译后修饰（PTMs）、蛋白质定位和蛋白质相互作用（PPIs）的变化。此外，结构蛋白质组学方法，如交联质谱（XL-MS）、氢/氘交换质谱（H/DX-MS）、Native质谱（nMS），提供了蛋白质和蛋白质复合物的大量结构信息，补充了传统方法收集的数据，促进了结构建模的集成。在这篇综述中，我们将概述目前正在积极利用和开发的前沿功能和结构蛋白质组学技术，以帮助询问调节DDR的蛋白质组学变化。
The DNA damage response (DDR) entails reorganization of proteins and protein complexes involved in DNA repair. The coordinated regulation of these proteomic changes maintains genome stability. Traditionally, regulators and mediators of DDR have been investigated individually. However, recent advances in mass spectrometry (MS)-based proteomics enable us to globally quantify changes in protein abundance, post-translational modifications (PTMs), protein localization, and protein-protein interactions (PPIs) in cells. Furthermore, structural proteomics approaches, such as crosslinking MS (XL-MS), hydrogen/deuterium exchange MS (H/DX-MS), Native MS (nMS), provide large structural information of proteins and protein complexes, complementary to the data collected from conventional methods, and promote integrated structural modeling. In this review, we will overview the current cutting-edge functional and structural proteomics techniques that are being actively utilized and developed to help interrogate proteomic changes that regulate the DDR.
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DOI：
10.18632/aging.100052
发表时间：
2009-05-20
期刊：
Aging
影响因子：
--
作者：
Altmeyer M;Hottiger MO
通讯作者：
Hottiger MO
DOI：
10.1007/978-1-62703-360-2_8
发表时间：
2013
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Yu LR;Veenstra T
通讯作者：
Veenstra T
影响因子：
4.8
作者：
Bandekar, Sumit J.;Chen, Chun-Liang;Ravala, Sandeep K.;Cash, Jennifer N.;V. Avramova, Larisa;V. Zhalnina, Mariya;Gutkind, J. Silvio;Li, Sheng;Tesmer, John J. G.
通讯作者：
Tesmer, John J. G.
DOI：
10.1111/febs.16435
发表时间：
2023-05
期刊：
The FEBS journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7.4
作者：
Sterling, Harry J.;Williams, Evan R.
通讯作者：
Williams, Evan R.