In vivo protein trapping produces a functional expression codex of the vertebrate proteome.
In vivo protein trapping produces a functional expression codex of the vertebrate proteome.
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DOI：
10.1038/nmeth.1606
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发表时间：
2011-06
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Ekker, Stephen C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Clark, Karl J.;Balciunas, Darius;Pogoda, Hans-Martin;Ding, Yonghe;Westcot, Stephanie E.;Bedell, Victoria M.;Greenwood, Tammy M.;Urban, Mark D.;Skuster, Kimberly J.;Petzold, Andrew M.;Ni, Jun;Nielsen, Aubrey L.;Patowary, Ashok;Scaria, Vinod;Sivasubbu, Sridhar;Xu, Xiaolei;Hammerschmidt, Matthias;Ekker, Stephen C.
我们描述了一个有条件的体内蛋白质诱变系统，揭示了时空蛋白质表达动态并评估了脊椎动物丹尼奥韦里奥的基因功能。整合pGBT-RP2 (RP2)，一种含有蛋白质陷阱的基因断裂转座子，有效地破坏基因表达，将正常转录物水平敲低约97%，同时报告每个位点的蛋白质表达。突变等位基因在体细胞组织中可通过Cre重组酶或剪接位点阻断型morpholinos进行逆转，因此是小鼠模型之外的第一个系统性条件突变等位基因。我们报告了350个斑马鱼系的集合，包括各种各样的分子位点。RP2整合揭示了生物体基因组结构和基因功能的复杂性，并可以提供蛋白质亚细胞定位的信息。RP2突变系统是向统一的蛋白质表达法典和脊椎动物基因组的直接功能注释迈出的一步。
We describe a conditional in vivo protein trap mutagenesis system that reveals spatio-temporal protein expression dynamics and assesses gene function in the vertebrate Danio rerio. Integration of pGBT-RP2 (RP2), a gene-breaking transposon containing a protein trap, efficiently disrupts gene expression with >97% knockdown of normal transcript levels while simultaneously reporting protein expression of each locus. The mutant alleles are revertible in somatic tissues via Cre recombinase or splice-site blocking morpholinos, thus representing the first systematic conditional mutant alleles outside the mouse model. We report a collection of 350 zebrafish lines including a diverse array of molecular loci. RP2 integrations reveal the complexity of genomic architecture and gene function in a living organism and can provide information on protein subcellular localization. The RP2 mutagenesis system is a step towards a unified codex of protein expression and direct functional annotation of the vertebrate genome.
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影响因子：
2
作者：
Klee, Eric W.
通讯作者：
Klee, Eric W.
DOI：
10.1073/pnas.0908247106
发表时间：
2009-11-03
影响因子：
11.1
作者：
Petzold, Andrew M.;Balciunas, Darius;Ekker, Stephen C.
通讯作者：
Ekker, Stephen C.
影响因子：
3.5
作者：
Cormack, BP;Valdivia, RH;Falkow, S
通讯作者：
Falkow, S
影响因子：
4.4
作者：
Aleksic, Jelena;Lazic, Ranko;Adryan, Boris
通讯作者：
Adryan, Boris
影响因子：
11.8
作者：
Kawakami, K;Takeda, H;Mishina, M
通讯作者：
Mishina, M