A novel approach to represent and compare RNA secondary structures.
A novel approach to represent and compare RNA secondary structures.
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DOI：
10.1093/nar/gku283
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发表时间：
2014-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Helmer-Citterich M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mattei E;Ausiello G;Ferrè F;Helmer-Citterich M
结构信息对于核糖核酸 (RNA) 分析和功能注释至关重要；然而，如何包含此类结构数据仍然是一个有争议的问题。点括号表示法是 RNA 二级结构最常见、最简单的表示法，但其简单性也导致了歧义，需要进一步的处理步骤来解决。在这里，我们提出了 BEAR（RNA 的新品牌字母表），这是一种由字符串表示的新的上下文感知结构编码。 BEAR 中的每个字符都编码具有特定长度的特定二级结构元素（环、茎、凸起和内环）。此外，通过在相关 RNA 的多重比对中利用这种信息丰富且简单的编码，我们捕获了 RNA 家族中可以容忍的结构变异程度，并将其转换为二级结构元件之间的转换率。这使我们能够计算二级结构元素的替换矩阵，称为 MBR（BEAR 编码的 RNA 二级结构矩阵），我们测试了该矩阵对齐 RNA 二级结构的能力。我们建议 BEAR 和 MBR 作为 RNA 二级结构分析、比较和分类、基序发现和系统发育的强大资源。
Structural information is crucial in ribonucleic acid (RNA) analysis and functional annotation; nevertheless, how to include such structural data is still a debated problem. Dot-bracket notation is the most common and simple representation for RNA secondary structures but its simplicity leads also to ambiguity requiring further processing steps to dissolve. Here we present BEAR (Brand nEw Alphabet for RNA), a new context-aware structural encoding represented by a string of characters. Each character in BEAR encodes for a specific secondary structure element (loop, stem, bulge and internal loop) with specific length. Furthermore, exploiting this informative and yet simple encoding in multiple alignments of related RNAs, we captured how much structural variation is tolerated in RNA families and convert it into transition rates among secondary structure elements. This allowed us to compute a substitution matrix for secondary structure elements called MBR (Matrix of BEAR-encoded RNA secondary structures), of which we tested the ability in aligning RNA secondary structures. We propose BEAR and the MBR as powerful resources for the RNA secondary structure analysis, comparison and classification, motif finding and phylogeny.
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影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
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Tuschl T
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Lim C
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