In Vivo Fast Photochemical Oxidation of Proteins Using Enhanced Multiplexing Proteomics.
In Vivo Fast Photochemical Oxidation of Proteins Using Enhanced Multiplexing Proteomics.
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DOI：
10.1021/acs.analchem.0c00174
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发表时间：
2020-06-02
影响因子：
7.4
通讯作者：
Robinson RAS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Espino JA;King CD;Jones LM;Robinson RAS
蛋白质体内快速光化学氧化 (IV-FPOP) 是一种羟基自由基蛋白质足迹方法，用于研究蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用。通过质谱 (MS) 分析 IV-FPOP 氧化修饰的蛋白质，并通过无标记 MS 定量氧化程度。由于溶剂可及性的变化，肽氧化变化产生有关蛋白质结构的有用信息。然而，动物研究所需的样本量需要增加样本制备和仪器时间。在这里，我们报告了 IV-FPOP 和结合前体同位素标记和同量异位标记 (cPILOT) 的增强多重策略的组合应用，用于线虫氧化修饰的高通量分析。确定了无标记 MS 和 cPILOT 性能的主要差异。添加氧 (+16) 是所有已知可能的 FPOP 修饰中确定的最丰富的修饰。这项研究提出了 IV-FPOP 与增强的多重策略（例如 cPILOT）相结合，以提高旨在检查氧化蛋白修饰的研究的通量。
In vivo fast photochemical oxidation of proteins (IV-FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting method used to study protein structure and protein–protein interactions. Oxidatively modified proteins by IV-FPOP are analyzed by mass spectrometry (MS), and the extent of oxidation is quantified by label-free MS. Peptide oxidation changes yield useful information about protein structure, due to changes in solvent accessibility. However, the sample size necessary for animal studies requires increased sample preparation and instrument time. Here, we report the combined application of IV-FPOP and the enhanced multiplexing strategy combined precursor isotopic labeling and isobaric tagging (cPILOT) for higher-throughput analysis of oxidative modifications in C. elegans. Key differences in the performance of label-free MS and cPILOT were identified. The addition of oxygen (+16) was the most abundant modification identified among all known possible FPOP modifications. This study presents IV-FPOP coupled with enhanced multiplexing strategies such as cPILOT to increase throughput of studies seeking to examine oxidative protein modifications.
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