Information dimension analysis of bacterial essential and nonessential genes based on chaos game representation
Information dimension analysis of bacterial essential and nonessential genes based on chaos game representation
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基于混沌博弈表示的细菌必需与非必需基因信息维数分析
DOI：
10.1088/0022-3727/47/46/465401
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发表时间：
2014-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yong-Ming Yu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qian Zhou;Yong-Ming Yu
基本基因对于生物体的生存是不可缺少的。研究与基因必要性相关的特征是预测和鉴定必要基因的基础。选择与基因本质相关的特征是利用计算技术预测基因本质的基础。我们运用分形理论对细菌的必需基因和非必需基因进行了比较分析。基于基因混沌博弈表示（cgr），计算了27种细菌DEG数据库中必需基因和非必需基因的信息维数。发现信息维数与基因长度之间存在弱的正线性相关。此外，对于长度相近的基因，必要基因的平均信息维数要大于非必要基因。这表明必需基因比非必需基因表现出更少的规律性和更高的复杂性。结果表明，对于必要基因和非必要基因数量相近的细菌，CGR信息维数有助于必要基因和非必要基因的分类。因此，基因CGR信息维数很可能是遗传算法预测必要基因的有用基因特征。
Essential genes are indispensable for the survival of an organism. Investigating features associated with gene essentiality is fundamental to the prediction and identification of the essential genes. Selecting features associated with gene essentiality is fundamental to predict essential genes with computational techniques. We use fractal theory to make comparative analysis of essential and nonessential genes in bacteria. The information dimensions of essential genes and nonessential genes available in the DEG database for 27 bacteria are calculated based on their gene chaos game representations (CGRs). It is found that weak positive linear correlation exists between information dimension and gene length. Moreover, for genes of similar length, the average information dimension of essential genes is larger than that of nonessential genes. This indicates that essential genes show less regularity and higher complexity than nonessential genes. Our results show that for bacterium with a similar number of essential genes and nonessential genes, the CGR information dimension is helpful for the classification of essential genes and nonessential genes. Therefore, the gene CGR information dimension is very probably a useful gene feature for a genetic algorithm predicting essential genes.
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DEG 10，必需基因数据库的更新，包括蛋白质编码基因和非编码基因组元件
影响因子：
14.9
作者：
Luo H;Lin Y;Gao F;Zhang CT;Zhang R
通讯作者：
Zhang R
DOI：
10.1088/0022-3727/35/20/310
发表时间：
2002-10
期刊：
Journal of Physics D
影响因子：
--
作者：
I. Dierking
通讯作者：
I. Dierking
DOI：
10.1088/0965-0393/21/6/063001
发表时间：
2013-09
影响因子：
1.8
作者：
A. Tarakanova;M. Buehler
通讯作者：
A. Tarakanova;M. Buehler
影响因子：
14.9
作者：
Deng J;Deng L;Su S;Zhang M;Lin X;Wei L;Minai AA;Hassett DJ;Lu LJ
通讯作者：
Lu LJ
DOI：
10.1088/0022-3727/32/3/007
发表时间：
1999-02
期刊：
Journal of Physics D
影响因子：
--
作者：
T. Ficker
通讯作者：
T. Ficker