Dissemination routes of the carbapenem resistance plasmid pOXA-48 in a hospital setting
Dissemination routes of the carbapenem resistance plasmid pOXA-48 in a hospital setting
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碳青霉烯类耐药质粒 pOXA-48 在医院环境中的传播途径
DOI：
10.1101/2020.04.20.050476
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
León-Sampedro R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
León-Sampedro R
由产碳青霉烯酶肠杆菌（CPE）引起的感染是全球临床环境中的一个主要问题。两个根本不同的过程塑造了CPE在医院中的流行病学：CPE克隆在患者之间的传播（患者间转移），以及编码碳青霉烯酶的质粒在个体患者肠道微生物群中的肠杆菌之间的转移（患者内转移）。每个过程对医院中碳青霉烯类耐药总体传播的相对贡献仍然知之甚少。在这里，我们使用机制模型，结合来自9,000多名患者的流行病学数据和来自250个肠杆菌克隆的全基因组序列信息，以确定碳青霉烯酶编码质粒pOXA-48在医院环境中的传播途径。我们的研究结果揭示了高风险pOXA-48携带克隆的频繁患者间传播，主要是肺炎克雷伯氏菌和零星大肠埃希氏菌。研究结果还确定了医院内pOXA-48的传播热点，如特定病房和病房内的单个房间。使用高分辨率质粒序列分析，我们发现pOXA-48在患者体内普遍转移，这表明几乎每个定植患者的肠道中都发生了水平质粒转移。本研究揭示的复杂和多方面的流行病学情况为制定控制CPE院内传播的干预策略提供了新的见解。
Introductory paragraphInfections caused by carbapenemase-producing enterobacteria (CPE) are a major concern in clinical settings worldwide. Two fundamentally different processes shape the epidemiology of CPE in hospitals: the dissemination of CPE clones from patient to patient (between-patient transfer), and the transfer of carbapenemase-encoding plasmids between enterobacteria in the gut microbiota of individual patients (within-patient transfer). The relative contribution of each process to the overall dissemination of carbapenem resistance in hospitals remains poorly understood. Here, we used mechanistic models combining epidemiological data from more than 9,000 patients with whole genome sequence information from 250 enterobacteria clones to characterise the dissemination routes of the carbapenemase-encoding plasmid pOXA-48 in a hospital setting over a two-year period. Our results revealed frequent between-patient transmission of high-risk pOXA-48-carrying clones, mostly ofKlebsiella pneumoniaeand sporadicallyEscherichia coli.The results also identified pOXA-48 dissemination hotspots within the hospital, such as specific wards and individual rooms within wards. Using high-resolution plasmid sequence analysis, we uncovered the pervasive within-patient transfer of pOXA-48, suggesting that horizontal plasmid transfer occurs in the gut of virtually every colonised patient. The complex and multifaceted epidemiological scenario exposed by this study provides new insights for the development of intervention strategies to control the in-hospital spread of CPE.
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影响因子：
5.2
作者：
Hernandez-Garcia, Marta;Perez-Viso, Blanca;Canton, Rafael
通讯作者：
Canton, Rafael
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作者：
Hernandez-Garcia, Marta;Perez-Viso, Blanca;Canton, Rafael
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Canton, Rafael
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Ramon Pano-Pardo, Jose;Ruiz-Carrascoso, Guillermo;Mingorance, Jesus
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Mingorance, Jesus
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作者：
Hidalgo, Laura;de Been, Mark;Fluit, Ad C.
通讯作者：
Fluit, Ad C.
DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
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作者：
Systems Biology
通讯作者：
Systems Biology