MolProbity for the masses-of data.
MolProbity for the masses-of data.
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DOI：
10.1007/s10858-015-9969-9
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发表时间：
2015-09
影响因子：
2.7
通讯作者：
Markley JL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen VB;Wedell JR;Wenger RK;Ulrich EL;Markley JL
MolProbity是一款功能强大的软件程序，用于验证蛋白质和核酸的结构。尽管MolProbity包括用于结构批处理分析的脚本，但因为这些脚本一次只分析一个结构，所以它们不太适合验证结构的大型数据集。我们已经创建了MolProbity(MolProbity-HTC)的一个版本，它绕过了这些限制，并通过使用HTCondor软件利用了高吞吐量的计算集群。MolProbity-HTC能够对大型结构集进行纵向分析，例如那些存放在PDB中的结构或通过理论计算生成的结构-使用早期版本的MolProbity，这些任务将非常耗时。我们使用MolProbity-HTC来验证整个PDB，并为BioMagResBank(BMRB)网站开发了一个新的可视化图表，使用户能够轻松确定核磁共振集合中每个模型的质量，并将这些模型的质量与PDB的其他模型进行比较。
MolProbity is a powerful software program for validating structures of proteins and nucleic acids. Although MolProbity includes scripts for batch analysis of structures, because these scripts analyze structures one at a time, they are not well suited for the validation of a large dataset of structures. We have created a version of MolProbity (MolProbity-HTC) that circumvents these limitations and takes advantage of a high-throughput computing cluster by using the HTCondor software. MolProbity-HTC enables the longitudinal analysis of large sets of structures, such as those deposited in the PDB or generated through theoretical computation—tasks that would have been extremely time-consuming using previous versions of MolProbity. We have used MolProbity-HTC to validate the entire PDB, and have developed a new visual chart for the BioMagResBank (BMRB) website that enables users to easily ascertain the quality of each model in an NMR ensemble and to compare the quality of those models to the rest of the PDB.