Protein design with a comprehensive statistical energy function and boosted by experimental selection for foldability
Protein design with a comprehensive statistical energy function and boosted by experimental selection for foldability
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具有全面统计能量函数的蛋白质设计，并通过可折叠性的实验选择得到推动
DOI：
10.1038/ncomms6330
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发表时间：
2014-10
影响因子：
16.6
通讯作者：
Liu Haiyan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiong Peng;Wang Meng;Zhou Xiaoqun;Zhang Tongchuan;Zhang Jiahai;Chen Quan;Liu Haiyan
将氨基酸序列折叠成所需结构的新设计是一种更深入地理解氨基酸序列如何编码蛋白质结构并为蛋白质工程提供方法的方法。尽管取得了重大突破，但目前的计算蛋白质设计存在值得注意的局限性。为了克服这些问题，需要计算模型来补充现有的模型，并需要实验工具来提供对理论的广泛反馈。在这里，我们开发了一个全面的统计能量函数的蛋白质设计与一个新的一般策略，并验证它可以补充和竞争目前成熟的模型。我们建立了一种实验方法，可以用来有效地评估或提高设计的蛋白质的折叠性。我们报告fourde novoproteins为不同的目标，所有实验验证是良好的折叠，解决方案结构的两个是在各自的设计目标非常一致。
Thede novodesign of amino acid sequences to fold into desired structures is a way to reach a more thorough understanding of how amino acid sequences encode protein structures and to supply methods for protein engineering. Notwithstanding significant breakthroughs, there are noteworthy limitations in current computational protein design. To overcome them needs computational models to complement current ones and experimental tools to provide extensive feedbacks to theory. Here we develop a comprehensive statistical energy function for protein design with a new general strategy and verify that it can complement and rival current well-established models. We establish that an experimental approach can be used to efficiently assess or improve the foldability of designed proteins. We report fourde novoproteins for different targets, all experimentally verified to be well-folded, solved solution structures for two being in excellent agreement with respective design targets.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp345
发表时间：
2009-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Lee W;Westler WM;Bahrami A;Eghbalnia HR;Markley JL
通讯作者：
Markley JL
影响因子：
56.9
作者：
Dahiyat, BI;Mayo, SL
通讯作者：
Mayo, SL
DOI：
10.1073/pnas.212627499
发表时间：
2002-12-10
影响因子：
11.1
作者：
Hayes, RJ;Bentzien, J;Dahiyat, BI
通讯作者：
Dahiyat, BI
影响因子：
3.4
作者：
Dehouck, Y;Gilis, D;Rooman, M
通讯作者：
Rooman, M
影响因子：
16.6
作者：
Liang, Huanhuan;Chen, Hao;Lai, Luhua
通讯作者：
Lai, Luhua