ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes.
ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes.
复制标题
ProTISA：原核基因组翻译起始位点注释的综合资源
DOI：
10.1093/nar/gkm799
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhu, Huaiqiu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu, Gang-Qing;Zheng, Xiaobin;Yang, Yi-Fan;Ortet, Philippe;She, Zhen-Su;Zhu, Huaiqiu
正确标注翻译起始位点对于原核生物翻译起始机制的实验和生物信息学研究，以及对基因调控和基因结构的理解都是至关重要的。本文介绍了一个综合数据库ProTISA，该数据库收集了通过各种现有的原核生物基因组证据证实的TIS，包括Swiss-Prot实验记录、文献、保守结构域匹配和同源基因之间的序列比对。此外，通过结合我们最近开发的TIS后处理器的预测，ProTISA为公共数据库RefSeq提供了精细的注释。此外，该数据库还注释了与TIS上游区域翻译起始相关的潜在调控信号。截至2007年7月，ProTISA包括440个微生物基因组，其中确认的TISs超过39万个。该数据库可在http://mech.ctb.pku.edu.cn/protisa上获得
Correct annotation of translation initiation site (TIS) is essential for both experiments and bioinformatics studies of prokaryotic translation initiation mechanism as well as understanding of gene regulation and gene structure. Here we describe a comprehensive database ProTISA, which collects TIS confirmed through a variety of available evidences for prokaryotic genomes, including Swiss-Prot experiments record, literature, conserved domain hits and sequence alignment between orthologous genes. Moreover, by combining the predictions from our recently developed TIS post-processor, ProTISA provides a refined annotation for the public database RefSeq. Furthermore, the database annotates the potential regulatory signals associated with translation initiation at the TIS upstream region. As of July 2007, ProTISA includes 440 microbial genomes with more than 390 000 confirmed TISs. The database is available at http://mech.ctb.pku.edu.cn/protisa
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