RELATING PHYSICOCHEMMICAL PROPERTIES OF AMINO ACIDS TO VARIABLE NUCLEOTIDE SUBSTITUTION PATTERNS AMONG SITES
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将氨基酸的物理化学性质与位点之间的可变核苷酸取代模式相关联
DOI：
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发表时间：
1999
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Ziheng Yang
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Ziheng Yang
密码子替换的马尔可夫过程模型的实施，占的DNA序列进化的特点（如转换/颠换偏置和密码子使用偏置），以及在网站上的氨基酸替换模式的异质性。密码子（氨基酸）位点被认为来自几个类别（如二级结构类别），其中氨基酸取代的速率和氨基酸化学性质的影响各不相同。参数估计的最大似然法，占物种之间的系统发育关系，并纠正在同一网站的多次命中。似然比检验用于比较模型。对28种灵长类动物线粒体细胞色素B基因进行了分析。站点异质性模型提供了更好的适合以前的同质模型。
Markov-process models of codon substitution were implemented that account for features of DNA sequence evolution (such as transition/transversion bias and codon usage bias) as well as heterogeneity of amino acid substitution pattern over sites. The codon (amino acid) sites are assumed to come from several classes (such as secondary structure categories), among which the rate of amino acid substitution and the effect of amino acid chemical properties vary. Parameters are estimated by the maximum likelihood method, which accounts for the phylogenetic relationship among species and corrects for multiple hits at the same site. The likelihood ratio test is used to compare models. Mitochondrial cytochrome b genes of 28 primate species are analyzed. The site-heterogeneity models provide much better fit to previous homogeneous models.
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影响因子：
10.7
作者：
S. Muse;B. Gaut
通讯作者：
S. Muse;B. Gaut
影响因子：
3.3
作者：
N. Goldman;J. Thorne;David C. Jones
通讯作者：
N. Goldman;J. Thorne;David C. Jones
影响因子：
3.3
作者：
R. Nielsen;Ziheng Yang
通讯作者：
R. Nielsen;Ziheng Yang
影响因子：
10.7
作者：
Thorne, JL;Goldman, N;Jones, DT
通讯作者：
Jones, DT
影响因子：
5.6
作者：
Goldman, N;Thorne, JL;Jones, DT
通讯作者：
Jones, DT