Open Babel: An open chemical toolbox.
Open Babel: An open chemical toolbox.
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DOI：
10.1186/1758-2946-3-33
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发表时间：
2011-10-07
影响因子：
8.6
通讯作者：
Hutchison GR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O'Boyle NM;Banck M;James CA;Morley C;Vandermeersch T;Hutchison GR
化学结构在不同格式之间的相互转换是计算建模中经常遇到的问题。虽然存在标准交换格式（例如，化学标记语言），并且出现了事实标准（例如，SMILES格式），但是由于化学数据有许多不同的应用领域，不同格式存储的数据存在差异（例如，0D与3D），以及软件之间的竞争以及缺乏与供应商无关的格式，因此对格式进行相互转换的需求是一个持续存在的问题。我们第一次讨论了Open Babel，这是一个开放源代码的化学工具箱，它讲多种语言的化学数据。Open Babel version 2.3可转换超过110种格式。为了表示如此广泛的化学和分子数据，需要一个库来实现广泛的化学信息学算法，从部分电荷分配和芳香性检测，到键顺序感知和规范化。我们详细介绍了Open Babel的实现，描述了2.3版本中的关键进步，并概述了它在软件产品和科学研究方面的各种用途，包括远远超出简单格式转换的应用程序。Open Babel为多种化学文件格式的扩散提供了一个解决方案。此外，它还提供了各种有用的实用工具，从一致性搜索和2D描述，到过滤、批处理转换，以及子结构和相似性搜索。对于开发人员来说，它可以作为一个编程库来处理有机化学、药物设计、材料科学和计算化学等领域的化学数据。它在开源许可下可从http://openbabel.org免费获得。
A frequent problem in computational modeling is the interconversion of chemical structures between different formats. While standard interchange formats exist (for example, Chemical Markup Language) and de facto standards have arisen (for example, SMILES format), the need to interconvert formats is a continuing problem due to the multitude of different application areas for chemistry data, differences in the data stored by different formats (0D versus 3D, for example), and competition between software along with a lack of vendor-neutral formats. We discuss, for the first time, Open Babel, an open-source chemical toolbox that speaks the many languages of chemical data. Open Babel version 2.3 interconverts over 110 formats. The need to represent such a wide variety of chemical and molecular data requires a library that implements a wide range of cheminformatics algorithms, from partial charge assignment and aromaticity detection, to bond order perception and canonicalization. We detail the implementation of Open Babel, describe key advances in the 2.3 release, and outline a variety of uses both in terms of software products and scientific research, including applications far beyond simple format interconversion. Open Babel presents a solution to the proliferation of multiple chemical file formats. In addition, it provides a variety of useful utilities from conformer searching and 2D depiction, to filtering, batch conversion, and substructure and similarity searching. For developers, it can be used as a programming library to handle chemical data in areas such as organic chemistry, drug design, materials science, and computational chemistry. It is freely available under an open-source license from http://openbabel.org.
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影响因子：
14.9
作者：
Ahmed J;Preissner S;Dunkel M;Worth CL;Eckert A;Preissner R
通讯作者：
Preissner R
DOI：
10.1021/ci034207y
发表时间：
2004-01-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Bender, A;Mussa, HY;Reiling, S
通讯作者：
Reiling, S
影响因子：
3.5
作者：
Arbor, Sage;Marshall, Garland R.
通讯作者：
Marshall, Garland R.
影响因子：
2.9
作者：
Bas, Delphine C.;Rogers, David M.;Jensen, Jan H.
通讯作者：
Jensen, Jan H.
DOI：
10.1021/ci980335o
发表时间：
1999-07-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Filimonov, D;Poroikov, V;Gloriozova, T
通讯作者：
Gloriozova, T