Expanded catalog of microbial genes and metagenome-assembled genomes from the pig gut microbiome.
Expanded catalog of microbial genes and metagenome-assembled genomes from the pig gut microbiome.
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猪肠道微生物组的微生物基因和宏基因组组装基因组的扩展目录
DOI：
10.1038/s41467-021-21295-0
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发表时间：
2021-02-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Huang L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen C;Zhou Y;Fu H;Xiong X;Fang S;Jiang H;Wu J;Yang H;Gao J;Huang L
肠道菌群在猪的健康和生产中起着重要作用。尽管如此，大多数猪肠微生物的测序基因组和功能信息的可用性仍然有限。在这里，我们对猪肠道微生物组进行了景观调查，通过深度宏基因组测序跨越了广泛的样本来源，产生了一个名为猪整合基因目录（PIGC）的扩展基因目录，包含来自787个肠道宏基因组的17，237，052个完整基因，这些基因以90%的蛋白质同一性聚集，其中28%是未知蛋白质。采用分组分析方法，共获得6339个宏基因组组装基因组（MAGs），聚类为2673个物种水平的基因组箱（SGBs），其中86%（2309个）的SGBs是未知的。利用目前的基因目录和MAG，我们确定了野猪和商业杜洛克猪肠道微生物组之间的几个菌株水平差异。PIGC和MAG为猪肠道微生物组相关研究提供了更多资源。
Gut microbiota plays an important role in pig health and production. Still, availability of sequenced genomes and functional information for most pig gut microbes remains limited. Here we perform a landscape survey of the swine gut microbiome, spanning extensive sample sources by deep metagenomic sequencing resulting in an expanded gene catalog named pig integrated gene catalog (PIGC), containing 17,237,052 complete genes clustered at 90% protein identity from 787 gut metagenomes, of which 28% are unknown proteins. Using binning analysis, 6339 metagenome-assembled genomes (MAGs) were obtained, which were clustered to 2673 species-level genome bins (SGBs), among which 86% (2309) SGBs are unknown based on current databases. Using the present gene catalog and MAGs, we identified several strain-level differences between the gut microbiome of wild boars and commercial Duroc pigs. PIGC and MAGs provide expanded resources for swine gut microbiome-related research.
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