Microbial contamination in next generation sequencing: implications for sequence-based analysis of clinical samples.
Microbial contamination in next generation sequencing: implications for sequence-based analysis of clinical samples.
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DOI：
10.1371/journal.ppat.1004437
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发表时间：
2014-11
期刊：
影响因子：
6.7
通讯作者：
Flemington EK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Strong MJ;Xu G;Morici L;Splinter Bon-Durant S;Baddoo M;Lin Z;Fewell C;Taylor CM;Flemington EK
下一代测序用于跨生物体边界量化遗传物质的高准确度和灵敏度使其在人类疾病的病原体发现和诊断方面具有巨大的潜力。尽管有这样的希望，但在现有的人类来源的 RNA-seq 数据集中经常发现大量细菌污染，这些污染可能来自环境来源。这就需要严格的测序和分析方案来研究临床样本中基于序列的微生物特征。
The high level of accuracy and sensitivity of next generation sequencing for quantifying genetic material across organismal boundaries gives it tremendous potential for pathogen discovery and diagnosis in human disease. Despite this promise, substantial bacterial contamination is routinely found in existing human-derived RNA-seq datasets that likely arises from environmental sources. This raises the need for stringent sequencing and analysis protocols for studies investigating sequence-based microbial signatures in clinical samples.
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