BLAST+: architecture and applications.
BLAST+: architecture and applications.
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DOI：
10.1186/1471-2105-10-421
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发表时间：
2009-12-15
影响因子：
3
通讯作者：
Madden TL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Camacho C;Coulouris G;Avagyan V;Ma N;Papadopoulos J;Bealer K;Madden TL
序列相似性搜索是生物信息学中的一项重要任务。虽然基本局部比对搜索工具（BLAST）通过其使用化学方法优于精确方法，但是当前BLAST软件的速度对于非常长的查询或数据库序列是次优的。当前命令行应用程序的用户界面也存在一些缺点。我们描述的功能和改进重写BLAST软件，并介绍新的命令行应用程序。长查询序列被分解成块进行处理，在某些情况下会导致运行时间大大缩短。对于长数据库序列，可以仅检索序列的相关部分，从而减少针对重叠群或染色体数据库的短查询的搜索的CPU时间和内存使用。该程序现在可以从BLAST数据库中检索数据库序列的掩蔽信息。一个新的模块化软件库现在可以从任意数据源访问主题序列数据。我们引入了几个新特性，包括允许用户保存和重用他们最喜欢的选项集的策略文件。策略文件可以上传到NCBI BLAST网站并从其下载。与当前的BLAST工具相比，新的BLAST命令行应用程序在长查询以及染色体长度数据库序列方面表现出了实质性的速度改进。我们还改进了命令行应用程序的用户界面。
Sequence similarity searching is a very important bioinformatics task. While Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) outperforms exact methods through its use of heuristics, the speed of the current BLAST software is suboptimal for very long queries or database sequences. There are also some shortcomings in the user-interface of the current command-line applications. We describe features and improvements of rewritten BLAST software and introduce new command-line applications. Long query sequences are broken into chunks for processing, in some cases leading to dramatically shorter run times. For long database sequences, it is possible to retrieve only the relevant parts of the sequence, reducing CPU time and memory usage for searches of short queries against databases of contigs or chromosomes. The program can now retrieve masking information for database sequences from the BLAST databases. A new modular software library can now access subject sequence data from arbitrary data sources. We introduce several new features, including strategy files that allow a user to save and reuse their favorite set of options. The strategy files can be uploaded to and downloaded from the NCBI BLAST web site. The new BLAST command-line applications, compared to the current BLAST tools, demonstrate substantial speed improvements for long queries as well as chromosome length database sequences. We have also improved the user interface of the command-line applications.
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影响因子：
14.9
作者：
Zhang, Z;Schaffer, AA;Altschul, SF
通讯作者：
Altschul, SF
影响因子：
14.9
作者：
Schäffer, AA;Aravind, L;Altschul, SF
通讯作者：
Altschul, SF
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn322
发表时间：
2008-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Morgulis A;Coulouris G;Raytselis Y;Madden TL;Agarwala R;Schäffer AA
通讯作者：
Schäffer AA
DOI：
10.1016/s1046-2023(05)80165-3
发表时间：
1991-01-01
期刊：
Methods (Orlando)
影响因子：
--
作者：
STATES D J;GISH W;ALTSCHUL S F
通讯作者：
ALTSCHUL S F
影响因子：
1.7
作者：
Cameron, Michael;Williams, Hugh E.;Cannane, Adam
通讯作者：
Cannane, Adam