A unifying modelling formalism for the integration of stoichiometric and kinetic models
A unifying modelling formalism for the integration of stoichiometric and kinetic models
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用于集成化学计量和动力学模型的统一建模形式
DOI：
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发表时间：
2020
影响因子：
3.9
通讯作者：
S. Oliver
中科院分区：
文献类型：
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作者：
J. Júlvez;S. Oliver
目前系统和合成生物学的研究在很大程度上依赖于所研究系统的数学模型。这些模型的有用性取决于生物数据的数量和质量，以及是否有适当的建模形式，可以收集和容纳这些数据，以便它们可以得到适当的利用。鉴于我们对生物系统的知识不完整，而且它们由许多子系统组成，生物数据通常是不确定的和异质的。这些事实阻碍了数学模型和计算方法的使用。在动态生物系统的范围内，例如代谢网络，这种困难可以通过柔性网（FN）的新建模形式主义来克服。我们表明，FN可以联合收割机，在一个自然的方式，化学计量模型和动力学模型。此外，由此产生的网络承认非线性动力学，可以在瞬态和稳态分析。
Current research on systems and synthetic biology relies heavily on mathematical models of the systems under study. The usefulness of such models depends on the quantity and quality of biological data, and on the availability of appropriate modelling formalisms that can gather and accommodate such data so that they can be exploited properly. Given our incomplete knowledge of biological systems and the fact that they consist of many subsystems, biological data are usually uncertain and heterogeneous. These facts hinder the use of mathematical models and computational methods. In the scope of dynamic biological systems, e.g. metabolic networks, this difficulty can be overcome by the novel modelling formalism of flexible nets (FNs). We show that an FN can combine, in a natural way, a stoichiometric model and a kinetic model. Moreover, the resulting net admits nonlinear dynamics and can be analysed in both transient and steady states.
影响因子：
3.3
作者：
Hu, Jinghua;Wittekind, Samuel G.;Barr, Maureen M.
通讯作者：
Barr, Maureen M.
柔性网络的稳态分析
影响因子：
6.8
作者：
Julvez J
通讯作者：
Julvez J