EcoCyc: a comprehensive database resource for Escherichia coli.
EcoCyc: a comprehensive database resource for Escherichia coli.
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DOI：
10.1093/nar/gki108
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karp PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Keseler IM;Collado-Vides J;Gama-Castro S;Ingraham J;Paley S;Paulsen IT;Peralta-Gil M;Karp PD
EcoCyc数据库（http：//EcoCyc.org/）是关于原型模式生物大肠杆菌K12生物学的综合信息来源。EcoCyc的使命是包含大肠杆菌中所有基因、蛋白质、途径和分子相互作用的可计算描述和详细描述。通过持续的人工整理，从8862篇出版物中提取了大量信息，如总结评论、监管信息、文献引用和证据类型，并将其添加到EcoCyc数据库的第8.5版中。EcoCyc数据库可以通过万维网界面访问，而可下载的Pathway Tools软件和数据文件可以对数据进行计算探索，并提供网络界面无法支持的增强查询功能。例如，EcoCyc包含精心策划的信息，可以用作实体的生物信息学预测的训练集，例如启动子，操纵子，遗传网络，转录因子结合位点，代谢途径，功能相关基因，蛋白质复合物和蛋白质-配体相互作用。
The EcoCyc database (http://EcoCyc.org/) is a comprehensive source of information on the biology of the prototypical model organism Escherichia coli K12. The mission for EcoCyc is to contain both computable descriptions of, and detailed comments describing, all genes, proteins, pathways and molecular interactions in E.coli. Through ongoing manual curation, extensive information such as summary comments, regulatory information, literature citations and evidence types has been extracted from 8862 publications and added to Version 8.5 of the EcoCyc database. The EcoCyc database can be accessed through a World Wide Web interface, while the downloadable Pathway Tools software and data files enable computational exploration of the data and provide enhanced querying capabilities that web interfaces cannot support. For example, EcoCyc contains carefully curated information that can be used as training sets for bioinformatics prediction of entities such as promoters, operons, genetic networks, transcription factor binding sites, metabolic pathways, functionally related genes, protein complexes and protein–ligand interactions.
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作者：
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