Mining small RNA structure elements in untranslated regions of human and mouse mRNAs using structure-based alignment.
Mining small RNA structure elements in untranslated regions of human and mouse mRNAs using structure-based alignment.
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使用基于结构的比对，在人和小鼠mRNA的未翻译区域中挖掘小的RNA结构元素。
DOI：
10.1186/1471-2164-9-189
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发表时间：
2008-04-25
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Tian B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khaladkar M;Liu J;Wen D;Wang JT;Tian B
MRNAs的非翻译区(UTRs)包含了信使核糖核酸代谢的各个方面的调控元件，如信使核糖核酸的定位、翻译和信使核糖核酸的稳定性。已经实验鉴定了UTRs中的几种RNA茎环结构，包括组蛋白3‘UTR茎环结构(HSL3)和铁反应元件(IRE)。这些茎环结构在哺乳动物的同源基因中是保守的，存在于一组编码蛋白质的基因中，这些蛋白质涉及相同的生物途径。目前尚不清楚这些RNA结构在所有哺乳动物的UTRs中存在的程度。在本文中，我们采用了一种名为GLEAN-UTR的系统方法来鉴定UTRs中的小茎环RNA结构元件，这些结构元件在人和鼠的同源基因之间保守，并存在于具有共同基因本体论术语的多个基因中。该方法得到了90个不同的RNA结构群，包含748个结构，其中HSL3和IRE是基于结构保守的最高命中率。我们的结果表明，哺乳动物的UTRs中可能存在许多保守的茎环结构，参与生物途径的转录后协调调节。
UnTranslated Regions (UTRs) of mRNAs contain regulatory elements for various aspects of mRNA metabolism, such as mRNA localization, translation, and mRNA stability. Several RNA stem-loop structures in UTRs have been experimentally identified, including the histone 3' UTR stem-loop structure (HSL3) and iron response element (IRE). These stem-loop structures are conserved among mammalian orthologs, and exist in a group of genes encoding proteins involved in the same biological pathways. It is not known to what extent RNA structures like these exist in all mammalian UTRs. In this paper we took a systematic approach, named GLEAN-UTR, to identify small stem-loop RNA structure elements in UTRs that are conserved between human and mouse orthologs and exist in multiple genes with common Gene Ontology terms. This approach resulted in 90 distinct RNA structure groups containing 748 structures, with HSL3 and IRE among the top hits based on conservation of structure. Our result indicates that there may exist many conserved stem-loop structures in mammalian UTRs that are involved in coordinate post-transcriptional regulation of biological pathways.
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