TYGS and LPSN: a database tandem for fast and reliable genome-based classification and nomenclature of prokaryotes.
TYGS and LPSN: a database tandem for fast and reliable genome-based classification and nomenclature of prokaryotes.
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TYGS和LPSN：一个数据库串联，用于快速可靠的原核生物基于基因组的分类和命名。
DOI：
10.1093/nar/gkab902
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Göker M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meier-Kolthoff JP;Carbasse JS;Peinado-Olarte RL;Göker M
微生物系统学受到基于基因组的方法的严重影响，并受到公共数据库中数量不断增加的分类单元名称和相关序列的挑战。这对数据库系统提出了挑战，特别是因为如果这些数据是基于全球公认的地名管理办法，如《国际原核生物命名规则》，显然是有利的。只有具备准确可靠的高吞吐量平台，才能处理大量数据，这些平台既能满足这一需求，又能以高效灵活的方式跟踪所有变化。原核生物名称列表（LPSN）是原核生物命名的权威资源，可在https://lpsn.dsmz.de上获得。类型（菌株）基因组服务器（TYGS）是一个高通量平台，用于精确的基于基因组的分类，可在https://tygs.dsmz.de上获得。我们在这里介绍了这两个以前介绍的重要更新，高度互连的平台分类命名和分类，包括新的高层次设施提供访问生物信息学算法，数据库内容的相当大的扩展，以及新的方式来轻松地访问数据。
Microbial systematics is heavily influenced by genome-based methods and challenged by an ever increasing number of taxon names and associated sequences in public data repositories. This poses a challenge for database systems, particularly since it is obviously advantageous if such data are based on a globally recognized approach to manage names, such as the International Code of Nomenclature of Prokaryotes. The amount of data can only be handled if accurate and reliable high-throughput platforms are available that are able to both comply with this demand and to keep track of all changes in an efficient and flexible way. The List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) is an expert-curated authoritative resource for prokaryotic nomenclature and is available at https://lpsn.dsmz.de. The Type (Strain) Genome Server (TYGS) is a high-throughput platform for accurate genome-based taxonomy and is available at https://tygs.dsmz.de. We here present important updates of these two previously introduced, heavily interconnected platforms for taxonomic nomenclature and classification, including new high-level facilities providing access to bioinformatic algorithms, a considerable expansion of the database content, and new ways to easily access the data.
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影响因子：
--
作者：
Auch AF;von Jan M;Klenk HP;Göker M
通讯作者：
Göker M
DOI：
10.1099/ijsem.0.004475
发表时间：
2020-01-01
影响因子：
2.8
作者：
Gupta, Radhey S.;Patel, Sudip;Chen, Shu
通讯作者：
Chen, Shu
影响因子：
2.8
作者：
Meier-Kolthoff, Jan P.;Goeker, Markus;Klenk, Hans-Peter
通讯作者：
Klenk, Hans-Peter
影响因子：
3
作者：
Meier-Kolthoff JP;Auch AF;Klenk HP;Göker M
通讯作者：
Göker M
DOI：
10.1099/ijsem.0.004332
发表时间：
2020-11
影响因子：
2.8
作者：
Parte AC;Sardà Carbasse J;Meier-Kolthoff JP;Reimer LC;Göker M
通讯作者：
Göker M