StructOpt: A modular materials structure optimization suite incorporating experimental data and simulated energies
StructOpt: A modular materials structure optimization suite incorporating experimental data and simulated energies
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StructOpt：结合实验数据和模拟能量的模块化材料结构优化套件
DOI：
10.1016/j.commatsci.2018.12.052
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发表时间：
2019
影响因子：
3.3
通讯作者：
Voyles, Paul M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Maldonis, Jason J.;Xu, Zhongnan;Song, Zhewen;Yu, Min;Mayeshiba, Tam;Morgan, Dane;Voyles, Paul M.
StructOpt是一个开源的结构优化套件，它应用遗传算法和粒子群方法来获得最小化目标函数的原子结构。目标函数通常由能量和模拟数据与实验数据之间的误差组成，其通常用于确定尽可能最小化能量的结构，同时也与可用的实验数据完全一致。我们提出的示例用例包括从能量和扫描透射电子显微镜数据确定的亚稳态Pt纳米颗粒的结构，以及从能量和波动电子显微镜数据确定的非晶-纳米复合材料的结构。StructOpt的结构是模块化的，因此可以自然地扩展到包括新的材料模拟模块或新的优化方法，无论是由用户编写还是存在于其他代码包中。它使用消息传递接口（MPI）的动态进程管理功能来动态地将资源分配给计算量大的代码，使StructOpt能够充分利用许多科学软件包中的并行化工具。
StructOpt, an open-source structure optimization suite, applies genetic algorithm and particle swarm methods to obtain atomic structures that minimize an objective function. The objective function typically consists of the energy and the error between simulated and experimental data, which is typically applied to determine structures that minimize energy to the extent possible while also being fully consistent with available experimental data. We present example use cases including the structure of a metastable Pt nanoparticle determined from energetic and scanning transmission electron microscopy data, and the structure of an amorphous-nanocrystal composite determined from energetic and fluctuation electron microscopy data. StructOpt is modular in its construction and therefore is naturally extensible to include new materials simulation modules or new optimization methods, either written by the user or existing in other code packages. It uses the Message Passing Interface’s (MPI) dynamic process management functionality to allocate resources to computationally expensive codes on the fly, enabling StructOpt to take full advantage of the parallelization tools available in many scientific packages.
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FEMSIM HRMC：使用波动电子显微镜对非晶材料进行模拟和结构细化
DOI：
10.1016/j.cpc.2016.12.006
发表时间：
2016
期刊：
Comput. Phys. Commun.
影响因子：
--
作者：
J. Maldonis;Jinwoo Hwang;P. Voyles
通讯作者：
P. Voyles
影响因子：
8.6
作者：
Cliffe, Matthew J.;Dove, Martin T.;Goodwin, Andrew L.
通讯作者：
Goodwin, Andrew L.
HRMC_2.1：具有硅、碳、锗和碳化硅势的混合逆蒙特卡罗方法
影响因子：
6.3
作者：
G. Opletal;T. Petersen;S. Russo
通讯作者：
S. Russo
影响因子：
17.1
作者：
Min Yu;A. Yankovich;A. Kaczmarowski;D. Morgan;P. Voyles
通讯作者：
P. Voyles
DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
作者：
A. Kaczmarowski;Shujiang Yang;I. Szlufarska;D. Morgan
通讯作者：
D. Morgan