Computational analysis of RNA structures with chemical probing data.
Computational analysis of RNA structures with chemical probing data.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2015.02.003
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发表时间：
2015-06
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Zhang, Shaojie
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ge, Ping;Zhang, Shaojie
RNA不仅是合成蛋白质的遗传密码，而且是由其底层高级结构决定的生物功能的直接参与者。虽然已经提出了许多计算方法来分析RNA结构，但它们的准确性和效率有限，特别是当应用于大RNA和全基因组数据集时。最近，在平行测序和高通量化学探测技术的进步，促进了许多新的算法，它可以结合从这些实验中获得的辅助结构信息的发展。核糖体RNA的二级结构预测和全基因组ncRNA功能注释揭示了它们的潜力。本文综述了RNA二级和三级结构分析中现有的探针导向计算方法。
RNAs play various roles, not only as the genetic codes to synthesize proteins, but also as the direct participants of biological functions determined by their underlying high-order structures. Although many computational methods have been proposed for analyzing RNA structures, their accuracy and efficiency are limited, especially when applied to the large RNAs and the genome-wide data sets. Recently, advances in parallel sequencing and high-throughput chemical probing technologies have prompted the development of numerous new algorithms, which can incorporate the auxiliary structural information obtained from those experiments. Their potential has been revealed by the secondary structure prediction of ribosomal RNAs and the genome-wide ncRNA function annotation. In this review, the existing probing-directed computational methods for RNA secondary and tertiary structure analysis are discussed.
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DOI：
10.1016/s1359-0278(98)00072-8
发表时间：
1998-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Dokholyan, NV;Buldyrev, SV;Shakhnovich, EI
通讯作者：
Shakhnovich, EI
影响因子：
4.5
作者：
Ding, Feng;Sharma, Shantanu;Dokholyan, Nikolay V.
通讯作者：
Dokholyan, Nikolay V.
Probealign：将基于高通量测序的结构探测信息纳入NCRNA同源性搜索。
影响因子：
3
作者：
Ge P;Zhong C;Zhang S
通讯作者：
Zhang S
影响因子：
2.9
作者：
Duncan CD;Weeks KM
通讯作者：
Weeks KM
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL