Whole-genome copy number variation analysis in anophthalmia and microphthalmia.
Whole-genome copy number variation analysis in anophthalmia and microphthalmia.
复制标题
全基因组拷贝数变化分析和微观恐怖分子。
DOI：
10.1111/cge.12202
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发表时间：
2013-11
影响因子：
3.5
通讯作者：
Semina EV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schilter KF;Reis LM;Schneider A;Bardakjian TM;Abdul-Rahman O;Kozel BA;Zimmerman HH;Broeckel U;Semina EV
无眼症和小眼症（A/M）代表严重的眼部发育畸形。目前，已知基因突变只能解释不到 40% 的 A/M 病例。我们对 60 名患有孤立性或综合征性 A/M 的患者进行了全基因组拷贝数变异分析。在四名患有小眼综合症的独立患者中发现了 3q26 (SOX2) 的致病性缺失。其他感兴趣的变异包括在人类疾病（可能致病）中具有已知作用的区域以及新的重排（意义不确定）。在一名非综合征性无眼症患者中发现了 2.2-Mb 的 3q29 重复，在两名患有综合征性小眼症和其他眼部缺陷的独立先证者中发现了 877-kb 11p13 (PAX6) 重复和 1.4-Mb 17q11.2 (NF1) 缺失；虽然眼部异常之前被认为与某些情况下的 3q29 重复、PAX6 重复和 NF1 突变有关，但这里观察到的眼部表型比之前报道的更为严重。三个可能感兴趣的新区域包括 2q14.2 重复，其与一个家族中的小眼球/小角膜和先天性白内障共分离，以及另外两个病例中的 2q21 和 15q26 重复；这些区域中的每一个都包含在脊椎动物眼睛发育过程中活跃的基因。总体而言，这项研究确定了 17% 的 A/M 病例中可能导致眼部疾病的致病拷贝数突变和区域。
Anophthalmia and microphthalmia (A/M) represent severe developmental ocular malformations. Currently, mutations in known genes explain less than 40% of A/M cases. We performed whole genome copy number variation analysis in sixty patients affected with isolated or syndromic A/M. Pathogenic deletions of 3q26 (SOX2) were identified in four independent patients with syndromic microphthalmia. Other variants of interest included regions with a known role in human disease (likely pathogenic) as well as novel rearrangements (uncertain significance). A 2.2-Mb duplication of 3q29 in a patient with nonsyndromic anophthalmia and an 877-kb duplication of 11p13 (PAX6) and a 1.4-Mb deletion of 17q11.2 (NF1) in two independent probands with syndromic microphthalmia and other ocular defects were identified; while ocular anomalies have been previously associated with 3q29 duplications, PAX6 duplications, and NF1 mutations in some cases, the ocular phenotypes observed here are more severe than previously reported. Three novel regions of possible interest included a 2q14.2 duplication which cosegregated with microphthalmia/microcornea and congenital cataracts in one family, and 2q21 and 15q26 duplications in two additional cases; each of these regions contains genes that are active during vertebrate ocular development. Overall, this study identified causative copy number mutations and regions with a possible role in ocular disease in 17% of A/M cases.
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