Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.
Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.
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Trimmomatic：用于 Illumina 序列数据的灵活修剪器。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu170
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发表时间：
2014-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Usadel B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bolger AM;Lohse M;Usadel B
动机：尽管许多下一代测序（NGS）读取预处理工具已经存在，但我们找不到任何工具或组合，这些工具或组合在灵活性，正确处理配对的数据和高性能方面满足了我们的要求。我们已经开发了一种更灵活，更有效的预处理工具，可以正确处理配对的数据。结果：对于基于参考的任务和无参考的任务，证明了NGS读取预处理的值。在所有情况下，三种剂量表明可以产生至少与其他工具产生的竞争性的输出，并且在许多情况下都具有优于其他工具所产生的输出。可用性和实施：根据GPL V3获得许可。它是跨平台（要求Java 1.5+），可在http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic联系：usadel@bio1.rwth-aachen.de补充信息：补充数据可在BioInformatics在线获得。
Motivation: Although many next-generation sequencing (NGS) read preprocessing tools already existed, we could not find any tool or combination of tools that met our requirements in terms of flexibility, correct handling of paired-end data and high performance. We have developed Trimmomatic as a more flexible and efficient preprocessing tool, which could correctly handle paired-end data. Results: The value of NGS read preprocessing is demonstrated for both reference-based and reference-free tasks. Trimmomatic is shown to produce output that is at least competitive with, and in many cases superior to, that produced by other tools, in all scenarios tested. Availability and implementation: Trimmomatic is licensed under GPL V3. It is cross-platform (Java 1.5+ required) and available at http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic Contact: usadel@bio1.rwth-aachen.de Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
9.5
作者：
Li, Jing-Woei;Bolser, Dan;Schneider, Maria Victoria
通讯作者：
Schneider, Maria Victoria
影响因子：
9.5
作者：
Li, Heng;Homer, Nils
通讯作者：
Homer, Nils
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp324
发表时间：
2009-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R
影响因子：
7
作者：
Zerbino, Daniel R.;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan