Cumulative haploinsufficiency and triplosensitivity drive aneuploidy patterns and shape the cancer genome.
Cumulative haploinsufficiency and triplosensitivity drive aneuploidy patterns and shape the cancer genome.
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DOI：
10.1016/j.cell.2013.10.011
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发表时间：
2013-11-07
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Elledge SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davoli T;Xu AW;Mengwasser KE;Sack LM;Yoon JC;Park PJ;Elledge SJ
非整倍体被认为是癌症的标志已经有100多年了，但还没有出现解释癌症中非整倍体复发模式的一般理论。在这里，我们开发了肿瘤抑制基因和癌基因（TUSON）Explorer，这是一种计算方法，可以分析肿瘤中突变特征的模式，并预测任何单个基因作为肿瘤抑制基因（TSG）或癌基因（OG）的可能性。通过分析>8200个肿瘤-正常对，我们提供了统计学证据，表明比预期更多的基因具有癌症驱动特性，形成了致癌潜力的连续体。将我们的驱动预测与体细胞拷贝数改变的信息相结合，我们发现染色体上TSG（STOP基因），OG和必需基因（GO基因）的分布和效力可以预测癌症基因组的非整倍性和拷贝数变异特征的复杂模式。我们认为，癌症基因组是通过累积的单倍不足和三倍敏感性的过程中形成的。
Aneuploidy has been recognized as a hallmark of cancer for over 100 years, yet no general theory to explain the recurring patterns of aneuploidy in cancer has emerged. Here we develop Tumor Suppressor and Oncogene (TUSON) Explorer, a computational method that analyzes the patterns of mutational signatures in tumors and predicts the likelihood that any individual gene functions as a tumor suppressor (TSG) or oncogene (OG). By analyzing >8200 tumor-normal pairs we provide statistical evidence suggesting many more genes possess cancer driver properties than anticipated, forming a continuum of oncogenic potential. Integrating our driver predictions with information on somatic copy number alterations, we find that the distribution and the potency of TSGs (STOP genes), OGs and essential genes (GO genes) on chromosomes can predict the complex patterns of aneuploidy and copy number variation characteristic of cancer genomes. We propose that the cancer genome is shaped through a process of cumulative haploinsufficiency and triplosensitivity.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.1219580
发表时间：
2012-07-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Solimini NL;Xu Q;Mermel CH;Liang AC;Schlabach MR;Luo J;Burrows AE;Anselmo AN;Bredemeyer AL;Li MZ;Beroukhim R;Meyerson M;Elledge SJ
通讯作者：
Elledge SJ
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
12.3
作者：
Ozery-Flato M;Linhart C;Trakhtenbrot L;Izraeli S;Shamir R
通讯作者：
Shamir R
影响因子：
--
作者：
Kowalski, Jeanne;Morsberger, Laura A.;Griffin, Constance A.
通讯作者：
Griffin, Constance A.