The discovery net system for high throughput bioinformatics
The discovery net system for high throughput bioinformatics
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btg1031
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发表时间：
2003-07-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Guo, Yike
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rowe, Anthony;Kalaitzopoulos, Dimitrios;Guo, Yike
动机：生物信息学需要网格技术和协议来构建高性能应用程序，而不需要关注各个网格组件如何运行的低级细节。结果：Discovery Net 系统是一个中间件，允许服务开发人员集成基于现有和新兴网格标准（例如 Web 服务）的工具。一旦集成，这些工具可用于使用这些服务组成可重用的工作流程，这些工作流程稍后可以部署为新服务供其他人使用。使用 Discovery Net 系统和一系列不同的生物信息学工具，我们构建了一个基于网格的基因组注释应用程序。这包括自动核苷酸注释、预测蛋白质注释以及基于代谢概况和文本分析的文本分析的工作流程。
Motivation: Bioinformatics requires Grid technologies and protocols to build high performance applications without focusing on the low level detail of how the individual Grid components operate.Result: The Discovery Net system is a middleware that allows service developers to integrate tools based on existing and emerging Grid standards such as web services. Once integrated, these tools can be used to compose reusable workflows using these services that can later be deployed as new services for others to use. Using the Discovery Net system and a range of different bioinformatics tools, we built a Grid based application for Genome Annotation. This includes workflows for automatic nucleotide annotation, annotation of predicted proteins and text analysis based on metabolic profiles and text analysis.