Multiscale analysis of enantioselectivity in enzyme-catalysed 'lethal synthesis' using projector-based embedding.
Multiscale analysis of enantioselectivity in enzyme-catalysed 'lethal synthesis' using projector-based embedding.
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DOI：
10.1098/rsos.171390
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发表时间：
2018-03
影响因子：
3.5
通讯作者：
Mulholland AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Bennie SJ;van der Kamp MW;Glowacki DR;Manby FR;Mulholland AJ
作为一种广谱哺乳动物杀虫剂，氟乙酸酯的作用依赖于柠檬酸合成酶通过氟乙酰辅酶A微妙的对映选择性烯醇化合成氟柠檬酸。在这项工作中，我们展示了如何应用基于投影的嵌入方法从量子力学/分子力学优化路径计算耦合簇合物(CCSD(T))的反应轮廓。在CCSD(T)-in-DFT//MM水平上比较柠檬酸合成酶中的PRO-R和PRO-S质子提取得到正确的对映体选择性。因此，我们展示了基于投影的嵌入法在确定酶系统的立体选择性方面的潜力。我们进一步表明，该方法应用简单，消除了由于密度泛函理论泛函的选择而引起的变异性，并允许有效地计算CCSD(T)质量酶反应势垒。
The action of fluoroacetate as a broad-spectrum mammalian pesticide depends on the ‘lethal synthesis’ of fluorocitrate by citrate synthase, through a subtle enantioselective enolization of fluoroacetyl-coenzyme A. In this work, we demonstrate how a projection-based embedding method can be applied to calculate coupled cluster (CCSD(T)) reaction profiles from quantum mechanics/molecular mechanics optimized pathways for this enzyme reaction. Comparison of pro-R and pro-S proton abstraction in citrate synthase at the CCSD(T)-in-DFT//MM level yields the correct enantioselectivity. We thus demonstrate the potential of projection-based embedding for determining stereoselectivity in enzymatic systems. We further show that the method is simple to apply, eliminates variability due to the choice of density functional theory functional and allows the efficient calculation of CCSD(T) quality enzyme reaction barriers.
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影响因子：
4.4
作者：
BECKE, AD
通讯作者：
BECKE, AD
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作者：
BECKE, AD
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BECKE, AD
影响因子：
4.4
作者：
Mata, Ricardo A.;Werner, Hans-Joachim;Thiel, Walter
通讯作者：
Thiel, Walter
DOI：
10.1039/c39940002029
发表时间：
1994-09-21
影响因子：
--
作者：
OHAGAN, D;RZEPA, HS
通讯作者：
RZEPA, HS
影响因子：
3.7
作者：
HOHENBERG, P;KOHN, W
通讯作者：
KOHN, W