Generalized DNA barcode design based on Hamming codes.
Generalized DNA barcode design based on Hamming codes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0036852
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bystrykh LV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bystrykh LV
多重平行测序应用的多样性和范围正在稳步增加。重要的是，多重平行测序应用方法依赖于使用条形码引物进行样品鉴定，并且条形码的质量直接影响所得序列数据的质量。最近出版物的检查揭示了一个令人惊讶的变化质量的条形码。一些条形码是以半经验的方式制作的，没有定量考虑纠错或最小距离属性。在系统地比较公开的条形码集（包括来自Illumina和Epicentre的商业上分布的条形码引物）之后，提出并说明了用于改进的基于汉明码的序列的方法。汉明码可以以许多不同的方式用于DNA标签设计，同时保持最小距离和纠错特性。此外，汉明条形码在基本生物学参数如序列冗余和GC含量方面保持灵活。在多重平行测序应用中鼓励更广泛地采用改进的汉明条形码。
The diversity and scope of multiplex parallel sequencing applications is steadily increasing. Critically, multiplex parallel sequencing applications methods rely on the use of barcoded primers for sample identification, and the quality of the barcodes directly impacts the quality of the resulting sequence data. Inspection of the recent publications reveals a surprisingly variable quality of the barcodes employed. Some barcodes are made in a semi empirical fashion, without quantitative consideration of error correction or minimal distance properties. After systematic comparison of published barcode sets, including commercially distributed barcoded primers from Illumina and Epicentre, methods for improved, Hamming code-based sequences are suggested and illustrated. Hamming barcodes can be employed for DNA tag designs in many different ways while preserving minimal distance and error-correcting properties. In addition, Hamming barcodes remain flexible with regard to essential biological parameters such as sequence redundancy and GC content. Wider adoption of improved Hamming barcodes is encouraged in multiplex parallel sequencing applications.
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影响因子：
48
作者：
Craig, David W.;Pearson, John V.;Szelinger, Szabolcs;Sekar, Aswin;Redman, Margot;Corneveaux, Jason J.;Pawlowski, Traci L.;Laub, Trisha;Nunn, Gary;Stephan, Dietrich A.;Homer, Nils;Huentelman, Matthew J.
通讯作者：
Huentelman, Matthew J.
影响因子：
--
作者：
SHANNON, CE
通讯作者：
SHANNON, CE
影响因子：
14.9
作者：
Smith AM;Heisler LE;St Onge RP;Farias-Hesson E;Wallace IM;Bodeau J;Harris AN;Perry KM;Giaever G;Pourmand N;Nislow C
通讯作者：
Nislow C
影响因子：
14.9
作者：
Parameswaran P;Jalili R;Tao L;Shokralla S;Gharizadeh B;Ronaghi M;Fire AZ
通讯作者：
Fire AZ
影响因子：
14.9
作者：
Frutos, AG;Liu, QH;Corn, RM
通讯作者：
Corn, RM