A microfluidic device and computational platform for high-throughput live imaging of gene expression.
A microfluidic device and computational platform for high-throughput live imaging of gene expression.
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DOI：
10.1038/nmeth.2185
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发表时间：
2012-11
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Benfey, Philip N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Busch, Wolfgang;Moore, Brad T.;Martsberger, Bradley;Mace, Daniel L.;Twigg, Richard W.;Jung, Jee;Pruteanu-Malinici, Iulian;Kennedy, Scott J.;Fricke, Gregory K.;Clark, Robert L.;Ohler, Uwe;Benfey, Philip N.
为了充分描述基因表达动态，需要能够随着时间的推移定量捕获单个细胞中的表达。需要用于获取和分析实时图像的自动化系统来获得跨许多样品和条件的无偏数据。我们开发了一种微流体设备，RootArray，其中64拟南芥幼苗可以生长，他们的根成像共聚焦显微镜在几天内没有人工干预。为了实现高通量，我们将采集与分析分离。在采集阶段，我们以低放大率获得图像并分割以识别感兴趣区域。坐标被传送到显微镜，以高放大率记录感兴趣的区域。在分析阶段，我们从拼接的高放大率图像重建3D对象，并从根的虚拟内侧部分提取定量测量。我们追踪了数百个根，以捕获12个转基因报告系在不同条件下的详细表达模式。
To fully describe gene expression dynamics requires the ability to quantitatively capture expression in individual cells over time. Automated systems for acquiring and analyzing real-time images are needed to obtain unbiased data across many samples and conditions. We developed a microfluidics device, the RootArray, in which 64 Arabidopsis thaliana seedlings can be grown and their roots imaged by confocal microscopy over several days without manual intervention. To achieve high throughput, we decoupled acquisition from analysis. In the acquisition phase, we obtain images at low magnification and segment to identify regions of interest. Coordinates are communicated to the microscope to record the regions of interest at high magnification. In the analysis phase, we reconstruct 3D objects from stitched high magnification images, and extract quantitative measurements from a virtual medial section of the root. We tracked hundreds of roots to capture detailed expression patterns of 12 transgenic reporter lines under different conditions.
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平铺 3D 显微图像采集的全局最佳拼接。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp184
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Preibisch S;Saalfeld S;Tomancak P
通讯作者：
Tomancak P
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
7.4
作者：
Beemster, GTS;Baskin, TI
通讯作者：
Baskin, TI
影响因子：
48
作者：
Birnbaum, K;Jung, JW;Benfey, PN
通讯作者：
Benfey, PN
DOI：
10.1073/pnas.0509839103
发表时间：
2006-01-31
影响因子：
11.1
作者：
Jönsson, H;Heisler, MG;Mjolsness, E
通讯作者：
Mjolsness, E