GeneView: a comprehensive semantic search engine for PubMed.
GeneView: a comprehensive semantic search engine for PubMed.
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DOI：
10.1093/nar/gks563
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Leser U
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thomas P;Starlinger J;Vowinkel A;Arzt S;Leser U
研究成果主要发表在科学文献中，管理工作跟不上发表文献的快速增长。大量的知识仍然隐藏在MEDLINE这样的大型文本存储库中。因此，生命科学家不得不花费大量的时间来寻找特定的信息。大多数生物医学对象（如基因、化学物质和疾病）的名称之间存在巨大的模糊性，常常导致搜索结果过于庞大和不具体。我们介绍GeneView，一个生物医学知识的语义搜索引擎。GeneView是建立在PubMed摘要的全面注释版本和公开提供的PubMed Central全文之上的。这种生物医学文本的半结构化表示支持扩展经典搜索引擎的许多功能。例如，用户可以使用唯一数据库标识符搜索实体，或者可以根据文档包含的特定提及次数对文档进行排序。注释由许多最先进的文本挖掘工具执行，用于识别来自10个实体类的提及和识别蛋白质-蛋白质相互作用。GeneView目前包含来自10个类、约2100万条引文、27.1万个全文正文的1.94亿个实体的注释。GeneView可以在http://bc3.informatik.hu-berlin.de/上搜索。
Research results are primarily published in scientific literature and curation efforts cannot keep up with the rapid growth of published literature. The plethora of knowledge remains hidden in large text repositories like MEDLINE. Consequently, life scientists have to spend a great amount of time searching for specific information. The enormous ambiguity among most names of biomedical objects such as genes, chemicals and diseases often produces too large and unspecific search results. We present GeneView, a semantic search engine for biomedical knowledge. GeneView is built upon a comprehensively annotated version of PubMed abstracts and openly available PubMed Central full texts. This semi-structured representation of biomedical texts enables a number of features extending classical search engines. For instance, users may search for entities using unique database identifiers or they may rank documents by the number of specific mentions they contain. Annotation is performed by a multitude of state-of-the-art text-mining tools for recognizing mentions from 10 entity classes and for identifying protein–protein interactions. GeneView currently contains annotations for >194 million entities from 10 classes for ∼21 million citations with 271 000 full text bodies. GeneView can be searched at http://bc3.informatik.hu-berlin.de/.
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DOI：
10.1093/database/bap018
发表时间：
2009
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Islamaj Dogan R;Murray GC;Névéol A;Lu Z
通讯作者：
Lu Z
影响因子：
5.8
作者：
Rebholz-Schuhmann, Dietrich;Arregui, Miguel;Jimeno, Antonio
通讯作者：
Jimeno, Antonio
影响因子：
3
作者：
Thomas PE;Klinger R;Furlong LI;Hofmann-Apitius M;Friedrich CM
通讯作者：
Friedrich CM
影响因子：
5.8
作者：
Plake, Conrad;Schiemann, Torsten;Leser, Ulf
通讯作者：
Leser, Ulf
影响因子：
14.9
作者：
McEntyre JR;Ananiadou S;Andrews S;Black WJ;Boulderstone R;Buttery P;Chaplin D;Chevuru S;Cobley N;Coleman LA;Davey P;Gupta B;Haji-Gholam L;Hawkins C;Horne A;Hubbard SJ;Kim JH;Lewin I;Lyte V;MacIntyre R;Mansoor S;Mason L;McNaught J;Newbold E;Nobata C;Ong E;Pillai S;Rebholz-Schuhmann D;Rosie H;Rowbotham R;Rupp CJ;Stoehr P;Vaughan P
通讯作者：
Vaughan P