OpenMM 4: A Reusable, Extensible, Hardware Independent Library for High Performance Molecular Simulation.
OpenMM 4: A Reusable, Extensible, Hardware Independent Library for High Performance Molecular Simulation.
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DOI：
10.1021/ct300857j
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发表时间：
2013-01-08
影响因子：
5.5
通讯作者：
Pande VS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eastman P;Friedrichs MS;Chodera JD;Radmer RJ;Bruns CM;Ku JP;Beauchamp KA;Lane TJ;Wang LP;Shukla D;Tye T;Houston M;Stich T;Klein C;Shirts MR;Pande VS
OpenMM是一个软件工具包，用于在一系列高性能计算架构上执行分子模拟。它基于分层架构：下层作为可重复使用的库，可由任何应用程序调用，而上层形成运行分子模拟的完整环境。该库API对仿真程序的用户和开发人员隐藏了所有特定于硬件的依赖性和优化：它们可以在不修改的情况下在任何已经实现了API的硬件上运行。OpenMM的当前实现包括对使用OpenCL和CUDA框架的图形处理单元的支持。此外，OpenMM被设计为可扩展的，因此可以容纳新的硬件架构和新的功能（例如，能量项和积分器）可以被容易地添加。
OpenMM is a software toolkit for performing molecular simulations on a range of high performance computing architectures. It is based on a layered architecture: the lower layers function as a reusable library that can be invoked by any application, while the upper layers form a complete environment for running molecular simulations. The library API hides all hardware-specific dependencies and optimizations from the users and developers of simulation programs: they can be run without modification on any hardware on which the API has been implemented. The current implementations of OpenMM include support for graphics processing units using the OpenCL and CUDA frameworks. In addition, OpenMM was designed to be extensible, so new hardware architectures can be accommodated and new functionality (e.g., energy terms and integrators) can be easily added.
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BENNETT, CH
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