Accurate multiplexing and filtering for high-throughput amplicon-sequencing.
Accurate multiplexing and filtering for high-throughput amplicon-sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gkv107
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发表时间：
2015-03-11
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pawlowski J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Esling P;Lejzerowicz F;Pawlowski J
使用附加到 PCR 引物的标签序列来标记扩增子，可以对大量样品进行多重分析以进行高通量测序 (HTS)。这种方法通常用于基于高温超导的多样性分析，特别是微生物生态学和生物医学诊断。然而，由于标签转换事件（称为错误标记），扩增子文库制备容易受到普遍的样品序列交叉污染。在这里，我们对使用各种多重设计制备的七个扩增子文库进行了测序，以测量这种现象的严重程度及其对多样性分析的影响。高达 28.2% 的独特序列对应于单标签或饱和双标签库中不可检测的（关键）错误标签。我们展示了遵循拉丁方设计的多重样本的优势，以优化错误标签的检测并最大化其在样本中的分布信息。我们在包含 PCR 重复的设计中使用此信息来过滤关键错误标签并恢复模拟社区样本的确切组成。由于无参数和数据驱动，我们的方法可以提供更准确和可重复的 HTS 数据集，从而提高其解释的可靠性。
Tagging amplicons with tag sequences appended to PCR primers allow the multiplexing of numerous samples for high-throughput sequencing (HTS). This approach is routinely used in HTS-based diversity analyses, especially in microbial ecology and biomedical diagnostics. However, amplicon library preparation is subject to pervasive sample sequence cross-contaminations as a result of tag switching events referred to as mistagging. Here, we sequenced seven amplicon libraries prepared using various multiplexing designs in order to measure the magnitude of this phenomenon and its impact on diversity analyses. Up to 28.2% of the unique sequences correspond to undetectable (critical) mistags in single- or saturated double-tagging libraries. We show the advantage of multiplexing samples following Latin Square Designs in order to optimize the detection of mistags and maximize the information on their distribution across samples. We use this information in designs incorporating PCR replicates to filter the critical mistags and to recover the exact composition of mock community samples. Being parameter-free and data-driven, our approach can provide more accurate and reproducible HTS data sets, improving the reliability of their interpretations.
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DOI：
10.1038/ismej.2012.8
发表时间：
2012-08
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Egge E;Bittner L;Andersen T;Audic S;de Vargas C;Edvardsen B
通讯作者：
Edvardsen B
影响因子：
7.7
作者：
Deagle, Bruce E.;Thomas, Austen C.;Jarman, Simon N.
通讯作者：
Jarman, Simon N.
影响因子：
3.3
作者：
Lejzerowicz, Franck;Esling, Philippe;Pawlowski, Jan
通讯作者：
Pawlowski, Jan
影响因子：
7.7
作者：
Clarke, Laurence J.;Czechowski, Paul;Cooper, Alan
通讯作者：
Cooper, Alan