Molecular dynamics simulations of F1-ATPase.
Molecular dynamics simulations of F1-ATPase.
复制标题
F1-ATP酶的分子动力学模拟。
DOI：
10.1007/978-3-319-02970-2_17
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发表时间：
2014
影响因子：
--
通讯作者：
M. Ikeguchi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuko Ito;M. Ikeguchi
F1-ATP酶是一种旋转马达酶。尽管有许多理论和实验研究，马达旋转的分子机制仍然没有完全理解。然而，大量可用的数据提供了关于这个分子马达如何旋转的线索：在核苷酸扰动下，催化活性的β亚基通过亚基的两侧将其结构变化传播到整个α3β3复合物，导致α3β3六聚体环中产生不对称性。在顺序反应步骤中，由于核苷酸扰动，不对称α3β3复合物的结构从一种状态改变到另一种状态，并且γ亚基轴遵循顺序改变的α3β3结构。因此，马达旋转主要有两个基本要素：β亚基的构象变化和α3β3亚基复合体的不对称结构。因此，本章通过分子动力学（MD）模拟和实验或其他理论研究的组合方法报告了一系列针对这两个元素的研究。除了运动旋转因素外，联合研究还揭示了F1-ATP酶的其他重要元素，如扭矩传递和化学反应途径，这将在本章的后半部分进行描述。所有这些结果提供了深入了解的旋转机制，并加深了对这种分子马达的理解。
F1-ATPase is a rotary motor enzyme. Despite many theoretical and experimental studies, the molecular mechanism of the motor rotation is still not fully understood. However, plenty of available data provide a clue as to how this molecular motor rotates: with nucleotide perturbations, the catalytically active β subunit propagates its structural changes to the entire α3β3 complex via both sides of the subunits, resulting that asymmetry is created in the α3β3 hexamer ring. In the sequential reaction step, the structure of the asymmetrical α3β3 complex changes from one state to the other due to the nucleotide perturbations, and the γ subunit axis follows the sequentially changing α3β3 structure. Therefore, there are mainly two essential elements for motor rotation: the conformational change of the β subunit and the asymmetrical structure of the α3β3 subunit complex. Therefore, this chapter reports a series of studies focused on these two elements via combinational approaches of molecular dynamics (MD) simulations and experimental or other theoretical studies. In addition to the motor rotation factors, the combined study also revealed other important elements of F1-ATPase, such as torque transmission and the chemical reaction pathway, which is described in the later part of this chapter. All of these results provide insight into the rotational mechanism and deepen the understanding of this molecular motor.
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影响因子：
3.4
作者：
Dittrich, M;Hayashi, S;Schulten, K
通讯作者：
Schulten, K
DOI：
--
发表时间：
1993
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Pedersen,PL;Amzel,LM
通讯作者：
Amzel,LM
影响因子：
15
作者：
Banavali, NK;Roux, B
通讯作者：
Roux, B
β-Arg-182（大肠杆菌 F1-ATP 酶中必需的催化位点残基）的作用。
DOI：
10.1021/bi990663x
发表时间：
1999
期刊：
Biochemistry.
影响因子：
--
作者：
Nadanaciva,S;Weber,J;Senior,AE
通讯作者：
Senior,AE
影响因子：
3.3
作者：
Pan, Albert C.;Sezer, Deniz;Roux, Benoit
通讯作者：
Roux, Benoit