Comprehensive discovery of endogenous Argonaute binding sites in Caenorhabditis elegans.
Comprehensive discovery of endogenous Argonaute binding sites in Caenorhabditis elegans.
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DOI：
10.1038/nsmb.1745
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发表时间：
2010-02
影响因子：
16.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
microRNAs（miRNAs）通过将Argonaute蛋白引导至特定的靶mRNA序列来调节基因表达。动物中真正的miRNA靶位点的鉴定是具有挑战性的，因为关于miRNA和靶之间的碱基配对要求以及mRNA内功能结合位点的位置的不确定性。在这里，我们提出了一个全面的战略，旨在分离内源性mRNA的目标序列结合的Argonaute蛋白ALG-1在C。优雅的。利用交联和ALG-1免疫沉淀结合高通量测序（CLIP-seq），我们鉴定了ALG-1与特定3′非翻译区（UTR）和编码外显子序列的广泛相互作用，并发现了将3′ UTR中的miRNA复合物结合位点与其他基因区域中的结合位点区分开的特征。此外，我们的分析揭示了对miRNA功能重要的基因中Argonaute结合位点的显著富集，表明可能赋予miRNA途径鲁棒性的自调节作用。
MicroRNAs (miRNAs) regulate gene expression by guiding Argonaute proteins to specific target mRNA sequences. Identification of bona fide miRNA target sites in animals is made challenging by uncertainties regarding the base-pairing requirements between miRNA and target as well as the location of functional binding sites within mRNAs. Here we present the results of a comprehensive strategy aimed at isolating endogenous mRNA target sequences bound by the Argonaute protein ALG-1 in C. elegans. Using cross-linking and ALG-1 immunoprecipitation coupled with high-throughput sequencing (CLIP-seq), we identified extensive ALG-1 interactions with specific 3′ untranslated region (UTR) and coding exon sequences and discovered features that distinguish miRNA complex binding sites in 3′ UTRs from those in other genic regions. Furthermore, our analyses revealed a striking enrichment of Argonaute binding sites in genes important for miRNA function, suggesting an autoregulatory role that may confer robustness to the miRNA pathway.
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影响因子：
64.8
作者：
Baek, Daehyun;Villen, Judit;Shin, Chanseok;Camargo, Fernando D.;Gygi, Steven P.;Bartel, David P.
通讯作者：
Bartel, David P.
影响因子：
11.4
作者：
Ding, Xavier C.;Grosshans, Helge
通讯作者：
Grosshans, Helge
影响因子：
4.1
作者：
Beitzinger, Michaela;Peters, Lasse;Meister, Gunter
通讯作者：
Meister, Gunter
影响因子：
4.5
作者：
Easow, George;Teleman, Aurelio A.;Cohen, Stephen M.
通讯作者：
Cohen, Stephen M.
影响因子：
11.8
作者：
Grosshans, H;Johnson, T;Slack, FJ
通讯作者：
Slack, FJ