Lipid21: Complex Lipid Membrane Simulations with AMBER.
Lipid21: Complex Lipid Membrane Simulations with AMBER.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.1c01217
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发表时间：
2022-03-08
影响因子：
5.5
通讯作者：
Gould, Ian R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dickson, Callum J.;Walker, Ross C.;Gould, Ian R.
我们扩展模块琥珀脂质力场，包括阴离子脂质，多不饱和脂肪酸（PUFA）脂质，鞘磷脂，允许模拟现实的细胞膜脂质成分，包括筏状结构域。头基扭转参数进行了修订，从而提高了与NMR顺序参数的一致性，并更新了烃链参数，提供了更好的匹配相变温度。广泛的验证运行（每种脂质类型0.9 μs）与实验测量结果吻合良好。此外，模拟的筏状双层证明了增加多不饱和脂肪酸浓度对胆固醇分子的干扰作用。力场推导与AMBER哲学一致，这意味着它可以很容易地与蛋白质，小分子，核酸和碳水化合物力场混合。
We extend the modular AMBER lipid force field to include anionic lipids, polyunsaturated fatty acid (PUFA) lipids, and sphingomyelin, allowing the simulation of realistic cell membrane lipid compositions, including raft-like domains. Head group torsion parameters are revised, resulting in improved agreement with NMR order parameters, and hydrocarbon chain parameters are updated, providing a better match with phase transition temperature. Extensive validation runs (0.9 μs per lipid type) show good agreement with experimental measurements. Furthermore, the simulation of raft-like bilayers demonstrates the perturbing effect of increasing PUFA concentrations on cholesterol molecules. The force field derivation is consistent with the AMBER philosophy, meaning it can be easily mixed with protein, small molecule, nucleic acid, and carbohydrate force fields.
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影响因子：
5.5
作者：
Goetz, Andreas W.;Williamson, Mark J.;Xu, Dong;Poole, Duncan;Le Grand, Scott;Walker, Ross C.
通讯作者：
Walker, Ross C.
影响因子：
6.8
作者：
Chavent M;Duncan AL;Sansom MS
通讯作者：
Sansom MS
影响因子：
3.3
作者：
Ferreira, Tiago Mendes;Coreta-Gomes, Filipe;Topgaard, Daniel
通讯作者：
Topgaard, Daniel
DOI：
10.1021/acs.jpcb.0c06386
发表时间：
2020-10-08
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Grote F;Lyubartsev AP
通讯作者：
Lyubartsev AP
影响因子：
64.8
作者：
Bernèche, S;Roux, B
通讯作者：
Roux, B