Prioritization of candidate cancer genes--an aid to oncogenomic studies.
Prioritization of candidate cancer genes--an aid to oncogenomic studies.
复制标题
候选癌基因的优先级 - 对致癌研究的帮助。
DOI：
10.1093/nar/gkn482
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发表时间：
2008-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lopez-Bigas, Nuria
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Furney, Simon J.;Calvo, Borja;Larranaga, Pedro;Lozano, Jose A.;Lopez-Bigas, Nuria
肿瘤基因组分析技术的发展，如阵列比较基因组杂交，信使RNA表达阵列和突变筛选，已经在现代癌症研究中脱颖而出。利用这些技术的研究能够突出显示癌症中改变的基因组。然而，这些候选癌症基因必须仔细检查，以揭示它们是否有助于肿瘤发生或巧合和非致病性。我们提出了一种计算方法的优先级的候选人（i）原癌基因和（ii）肿瘤抑制基因的癌基因组实验。我们使用不同的序列和功能数据的组合，包括序列保守性，蛋白质结构域和相互作用，以及监管数据构建计算分类器。我们发现这些分类器能够区分已知的癌症基因和其他人类基因。此外，分类器还将来自最近突变筛选的候选癌症基因与其他人类基因区分开来。我们提供了一个基于网络的设施，通过癌症生物学家可以访问我们的结果，我们提出计算癌症基因分类作为一个有用的方法，优先考虑候选癌症基因在癌基因组研究中确定。
The development of techniques for oncogenomic analyses such as array comparative genomic hybridization, messenger RNA expression arrays and mutational screens have come to the fore in modern cancer research. Studies utilizing these techniques are able to highlight panels of genes that are altered in cancer. However, these candidate cancer genes must then be scrutinized to reveal whether they contribute to oncogenesis or are coincidental and non-causative. We present a computational method for the prioritization of candidate (i) proto-oncogenes and (ii) tumour suppressor genes from oncogenomic experiments. We constructed computational classifiers using different combinations of sequence and functional data including sequence conservation, protein domains and interactions, and regulatory data. We found that these classifiers are able to distinguish between known cancer genes and other human genes. Furthermore, the classifiers also discriminate candidate cancer genes from a recent mutational screen from other human genes. We provide a web-based facility through which cancer biologists may access our results and we propose computational cancer gene classification as a useful method of prioritizing candidate cancer genes identified in oncogenomic studies.
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DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Hubbard, T;Barker, D;Clamp, M
通讯作者：
Clamp, M
影响因子：
14.9
作者：
Harris, MA;Clark, J;White, R
通讯作者：
White, R
影响因子：
4.3
作者：
Lee J;Li Z;Brower-Sinning R;John B
通讯作者：
John B
影响因子：
5.8
作者：
Futschik, Matthias E.;Chaurasia, Gautam;Herzel, Hanspeter
通讯作者：
Herzel, Hanspeter