Prediction of effective genome size in metagenomic samples.
Prediction of effective genome size in metagenomic samples.
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DOI：
10.1186/gb-2007-8-1-r10
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Bork P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Raes J;Korbel JO;Lercher MJ;von Mering C;Bork P
一种新的计算方法通过对环境元基因组DNA读取的分析显示了基因组大小和栖息地之间的联系。我们介绍了一种新的计算方法来从环境基因组学(或元基因组学)项目的短测序读数中预测有效基因组大小(EGS；一种包括多个质粒副本、插入序列以及相关的噬菌体和病毒的度量)。我们观察到环境之间相当大的EGS差异，并将其与生态复杂性和物种组成(例如，真核生物的存在)联系起来。例如，我们估计复杂、生物密集的农场土壤样本中的EGS约为6.3兆基数(Mb)，而其中细菌的EGS仅为4.7Mb；对于营养贫乏、生物稀少的海洋表层水样中的细菌，EGS低至1.6Mb。该方法还允许在单基因组测序项目中评估完成状态和组装偏差。
A novel computational approach shows a link between genome size and habitat from analysis of environmental metagenomic DNA reads. We introduce a novel computational approach to predict effective genome size (EGS; a measure that includes multiple plasmid copies, inserted sequences, and associated phages and viruses) from short sequencing reads of environmental genomics (or metagenomics) projects. We observe considerable EGS differences between environments and link this with ecologic complexity as well as species composition (for instance, the presence of eukaryotes). For example, we estimate EGS in a complex, organism-dense farm soil sample at about 6.3 megabases (Mb) whereas that of the bacteria therein is only 4.7 Mb; for bacteria in a nutrient-poor, organism-sparse ocean surface water sample, EGS is as low as 1.6 Mb. The method also permits evaluation of completion status and assembly bias in single-genome sequencing projects.
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DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
14.9
作者：
Ou HY;Smith R;Lucchini S;Hinton J;Chaudhuri RR;Pallen M;Barer MR;Rajakumar K
通讯作者：
Rajakumar K
影响因子：
12.3
作者：
Dufresne A;Garczarek L;Partensky F
通讯作者：
Partensky F
影响因子：
10.7
作者：
Bergthorsson, U;Ochman, H
通讯作者：
Ochman, H
DOI：
10.1098/rstb.2005.1809
发表时间：
2006-03-29
影响因子：
6.3
作者：
Foerstner, KU;von Mering, C;Bork, P
通讯作者：
Bork, P