ReactionCode: format for reaction searching, analysis, classification, transform, and encoding/decoding.
ReactionCode: format for reaction searching, analysis, classification, transform, and encoding/decoding.
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DOI：
10.1186/s13321-020-00476-x
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发表时间：
2020-12-03
影响因子：
8.6
通讯作者：
Nicklaus MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Delannée V;Nicklaus MC
在过去的二十年中，已经创建了许多不同的分子和反应形式。这些格式主要是为了标识符、表示、分类、分析和数据交换的目的而开发的。人们在分子形式上做了很多努力，但在反应方面却很少，而这些努力主要是由开发专有形式的公司做出的。在这里，我们介绍 ReactionCode：一种新的开源格式，允许将反应编码和解码为多层机器可读代码，将反应物和产物聚合成反应简图 (CGR)。这种格式很灵活，可以在反应相似性搜索和分类的背景下使用。它还专为数据库组织、机器学习应用程序和作为一种新的转换反应语言而设计。
In the past two decades a lot of different formats for molecules and reactions have been created. These formats were mostly developed for the purposes of identifiers, representation, classification, analysis and data exchange. A lot of efforts have been made on molecule formats but only few for reactions where the endeavors have been made mostly by companies leading to proprietary formats. Here, we present ReactionCode: a new open-source format that allows one to encode and decode a reaction into multi-layer machine readable code, which aggregates reactants and products into a condensed graph of reaction (CGR). This format is flexible and can be used in a context of reaction similarity searching and classification. It is also designed for database organization, machine learning applications and as a new transform reaction language.
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影响因子：
8.6
作者：
Heller SR;McNaught A;Pletnev I;Stein S;Tchekhovskoi D
通讯作者：
Tchekhovskoi D
影响因子：
5.6
作者：
Judson PN;Ihlenfeldt WD;Patel H;Delannée V;Tarasova N;Nicklaus MC
通讯作者：
Nicklaus MC
影响因子：
56.9
作者：
COREY, EJ;WIPKE, WT
通讯作者：
WIPKE, WT
影响因子：
5.6
作者：
Nugmanov, Ramil I.;Mukhametgaleev, Ravil N.;Varnek, Alexandre
通讯作者：
Varnek, Alexandre
影响因子：
18.2
作者：
Coley CW;Barzilay R;Jaakkola TS;Green WH;Jensen KF
通讯作者：
Jensen KF