BnaSNPDB: An interactive web portal for the efficient retrieval and analysis of SNPs among 1,007 rapeseed accessions.
BnaSNPDB: An interactive web portal for the efficient retrieval and analysis of SNPs among 1,007 rapeseed accessions.
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BnaSNPDB：一个交互式门户网站，用于有效检索和分析 1,007 个油菜籽材料中的 SNP
DOI：
10.1016/j.csbj.2020.09.031
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发表时间：
2020
影响因子：
6
通讯作者：
Jiang L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yan T;Wang Q;Maodzeka A;Wu D;Jiang L
高通量测序技术的快速发展和测序成本的降低为研究人员在后基因组时代研究数百甚至数千份材料的基因组变异提供了宝贵的资源和巨大的机会。这些大规模基因组变异的管理和探索在很大程度上依赖于编程和命令行环境，这对大多数实验生物学家和植物育种家来说是具有挑战性和耗时的。在这里，我们提出了BnaSNPDB，一个交互式的门户网站，用户友好的界面，提供了多个分析模块检索，分析和可视化的单核苷酸多态性之间的1,007加入世界各地的油菜种质。它是兼容的，可扩展的，可移植的，可以在不同的操作系统上轻松设置，并且可以在http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb和http://rapeseed.zju.edu.cn:3838/bnasnpdb上访问。它的整个数据集和代码可以在https://github.com/YTLogos/BnaSNPDB上找到。该数据库的建立对加快油菜功能基因组学研究和分子辅助育种分子标记的筛选具有重要意义。
The rapid development of high-throughput sequencing technology and the decrease in sequencing costs provide valuable resources and great opportunities for researchers to investigate genomic variations across hundreds or even thousands of accessions in the post-genomic era. The management and exploration of these large-scale genomic variations heavily rely on programming and command-line environments, which are challenging and time-consuming for most experimental biologists and plant breeders. Here, we present BnaSNPDB, an interactive web portal with a user-friendly interface that provides multiple analysis modules for retrieving, analyzing, and visualizing single nucleotide polymorphisms among 1,007 accessions of worldwide rapeseed germplasm. It is compatible, extendable, and portable to be easily set up on different operating systems, and can be accessed at http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb and http://rapeseed.zju.edu.cn:3838/bnasnpdb. Its whole dataset and code are available at https://github.com/YTLogos/BnaSNPDB. This database is essential for accelerating studies on the functional genomics and screening of the molecular markers of molecular-assisted breeding in rapeseed.
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通讯作者：
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Luo J