Studies of IscR reveal a unique mechanism for metal-dependent regulation of DNA binding specificity.
Studies of IscR reveal a unique mechanism for metal-dependent regulation of DNA binding specificity.
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DOI：
10.1038/nsmb.2568
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发表时间：
2013-06
影响因子：
16.8
通讯作者：
Kiley, Patricia J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rajagopalan, Senapathy;Teter, Sarah J.;Zwart, Petrus H.;Brennan, Richard G.;Phillips, Kevin J.;Kiley, Patricia J.
来自大肠杆菌的IscR是一种不寻常的金属调节因子，它通过识别两种不同的DNA基序，以依赖Fe-S的方式调节转录。在这里，我们报道了IscR的结构和生化研究，结果表明Fe-S连接时蛋白质-DNA界面的重塑拓宽了DNA结合特异性，从结合2型基序到结合1型和2型基序。对靶位歧视较弱的载脂蛋白- iscr变体的分析发现，野生型载脂蛋白- iscr中存在一个关键残基，我们认为该残基与1型基序存在不利的相互作用。在Fe-S结合后，这些相互作用显然被去除，从而允许全全息iscr结合1型和2型基序。这些数据提示了一种新的配体介导的DNA位点识别机制，即金属簇连接重新定位蛋白质特异性决定因素以扩大DNA靶点选择，从而允许holo-IscR更广泛的转录组反应。
IscR from Escherichia coli is an unusual metalloregulator in that it globally regulates transcription by recognizing two different DNA motifs in a Fe-S dependent manner. Here, we report structural and biochemical studies of IscR, which suggest remodeling of the protein-DNA interface upon Fe-S ligation broadens the DNA binding specificity from binding a type 2 motif to both type 1 and 2 motifs. Analysis of an apo-IscR variant with relaxed target-site discrimination identified a key residue in wild-type apo-IscR that we propose makes unfavorable interactions with a type 1 motif. Upon Fe-S binding, these interactions are apparently removed, thereby allowing holo-IscR to bind both type 1 and 2 motifs. These data suggest a novel mechanism of ligand-mediated DNA site recognition, whereby metallocluster ligation relocates a protein specificity determinant to expand DNA target site selection, allowing a broader transcriptomic response by holo-IscR.
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影响因子：
3.2
作者：
Nesbit, A. D.;Fleischhacker, A. S.;Kiley, P. J.
通讯作者：
Kiley, P. J.
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH
影响因子：
3.6
作者：
Giel JL;Nesbit AD;Mettert EL;Fleischhacker AS;Wanta BT;Kiley PJ
通讯作者：
Kiley PJ
影响因子：
3.6
作者：
Giel, JL;Rodionov, D;Kiley, PJ
通讯作者：
Kiley, PJ
影响因子：
11.4
作者：
Komori, H;Matsunaga, F;Miki, K
通讯作者：
Miki, K