Detection of revertant mosaicism in epidermolysis bullosa through Cas9‐targeted long‐read sequencing
Detection of revertant mosaicism in epidermolysis bullosa through Cas9‐targeted long‐read sequencing
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通过 Cas9 靶向长读长测序检测大疱性表皮松解症中的回复嵌合体
DOI：
10.1002/humu.24331
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Ujiie Hideyuki
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Natsuga Ken;Furuta Yoshikazu;Takashima Shota;Nohara Takuma;Kosumi Hideyuki;Mai Yosuke;Higashi Hideaki;Ujiie Hideyuki
回复突变嵌合现象（RM）是一种遗传突变在体细胞中自发纠正的现象。RM发生在一些先天性皮肤病中，但RM在临床回复突变皮肤中的遗传验证一直具有挑战性，特别是当同源重组（HR）是RM的原因时。在这里，我们介绍了纳米孔Cas9靶向测序（nCATS），用于识别临床回复突变皮肤中的HR。我们利用了一个隐性营养不良性大疱性表皮细胞瘤患者的复合异质性COL7A1突变，该患者表现出回复突变的皮肤斑点。Cas9介导的覆盖C0L7A1中的两个突变位点（> 8kb）的基因组DNA（gDNA）的富集和随后的MinION测序成功地检测到临床回复突变皮肤的表皮中的基因内交叉。该方法能够识别多达几十种gDNA的单倍型。此外，它缺乏聚合酶链反应扩增，这在技术上可以诱导重组。因此，我们建议nCATS是一个强大的工具，了解复杂的基因修饰，包括RM。
Revertant mosaicism (RM) is a phenomenon in which inherited mutations are spontaneously corrected in somatic cells. RM occurs in some congenital skin diseases, but genetic validation of RM in clinically revertant skin has been challenging, especially when homologous recombination (HR) is responsible for RM. Here, we introduce nanopore Cas9‐targeted sequencing (nCATS) for identifying HR in clinically revertant skin. We took advantage of compound heterozygousCOL7A1mutations in a patient with recessive dystrophic epidermolysis bullosa who showed revertant skin spots. Cas9‐mediated enrichment of genomic DNA (gDNA) covering the two mutation sites (>8 kb) inCOL7A1and subsequent MinION sequencing successfully detected intragenic crossover in the epidermis of the clinically revertant skin. This method enables the discernment of haplotypes of up to a few tens of kilobases of gDNA. Moreover, it is devoid of polymerase chain reaction amplification, which can technically induce recombination. We, therefore, propose that nCATS is a powerful tool for understanding complicated gene modifications, including RM.
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影响因子：
6.5
作者：
Pasmooij, Anna M. G.;Nijenhuis, Miranda;Jonkman, Marcel F.
通讯作者：
Jonkman, Marcel F.
DOI：
10.1073/pnas.92.15.6971
发表时间：
1995-07-18
影响因子：
11.1
作者：
NEGRONI, M;RICCHETTI, M;BUC, H
通讯作者：
BUC, H
影响因子：
9.8
作者：
Pasmooij, AMG;Pas, HH;Jonkman, MF
通讯作者：
Jonkman, MF
影响因子：
64.5
作者：
Jonkman, MF;Scheffer, H;Uitto, J
通讯作者：
Uitto, J
影响因子：
15.9
作者：
Darling, TN;Yee, C;Yancey, KB
通讯作者：
Yancey, KB