Genome-wide nucleotide diversity and associations with geography, ploidy level and glucosinolate profiles in Aethionema arabicum (Brassicaceae)
Genome-wide nucleotide diversity and associations with geography, ploidy level and glucosinolate profiles in Aethionema arabicum (Brassicaceae)
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Aethionema arabicum（十字花科）的全基因组核苷酸多样性及其与地理、倍性水平和芥子油苷谱的关联
DOI：
10.1007/s00606-018-1494-3
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发表时间：
2018
影响因子：
1.9
通讯作者：
Schranz ME
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mohammadin S;Wang W;Moazzeni H;Ertugrul K;Uysal T;Christodoulou CS;Edger PP;Pires JC;Wright SI;Schranz ME
Aethionemaarabicum是拟南芥科（Arabidopsis thaliana）的姐妹属，在比较分析中具有重要的进化地位，Aethionemaarabicum（拟南芥科）正逐渐成为了解各种性状进化的模式。我们生成了7个Ae的转录组数据。包括塞浦路斯、伊朗和土耳其在内的物种范围内的阿拉伯基因型。联合流式细胞术和单核苷酸多态性（SNP）分析确定了不同的四倍体（伊朗）和二倍体人群（土耳其/塞浦路斯）。土耳其和塞浦路斯品系的全基因组遗传多样性高于伊朗品系。然而，一个基因组区域包含的基因在伊朗比土耳其/塞浦路斯线具有更高的多样性。这个区域中有16%的基因是参与蛋白质折叠的伴侣蛋白。此外，硫代葡萄糖苷配置文件，化学防御化合物的拟南芥科，分析表明，在伊朗和土耳其/塞浦路斯线之间的吲哚硫代葡萄糖苷的多样性的差异。我们展示了不同的Ae。阿拉伯人有不同的倍性水平取决于他们的位置（伊朗与土耳其/塞浦路斯）。此外，种群之间的这些差异也表现在它们的防御化合物中。
The genusAethionemais sister to the core Brassicaceae (includingArabidopsis thaliana) and thus has an important evolutionary position for comparative analyses.Aethionema arabicum(Brassicaceae) is emerging as a model to understand the evolution of various traits. We generated transcriptome data for sevenAe. arabicumgenotypes across the species range including Cyprus, Iran and Turkey. Combined flow cytometry and single nucleotide polymorphism (SNP) analyses identified distinct tetraploid (Iranian) and diploid populations (Turkish/Cypriot). The Turkish and Cypriot lines had a higher genome-wide genetic diversity than the Iranian lines. However, one genomic region contained genes with a higher diversity in the Iranian than the Turkish/Cypriot lines. Sixteen percent of the genes in this region were chaperonins involved in protein folding. Additionally, an analysis of glucosinolate profiles, chemical defence compounds of the Brassicaceae, showed a difference in diversity of indolic glucosinolates between the Iranian and Turkish/Cypriot lines. We showed that differentAe. arabicumindividuals have different ploidy levels depending on their location (Iranian versus Turkish/Cypriot). Moreover, these differences between the populations are also shown in their defence compounds.
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影响因子：
3.3
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通讯作者：
J. K. Pritchard;Matthew Stephens;Peter Donnelly
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DOI：
--
发表时间：
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通讯作者：
G. H. Bibalani
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