Rapid Assessment of Pepsin Column Activity for Reliable HDX-MS Studies
Rapid Assessment of Pepsin Column Activity for Reliable HDX-MS Studies
复制标题
快速评估胃蛋白酶柱活性以进行可靠的 HDX-MS 研究
DOI：
10.1021/jasms.1c00080
复制
发表时间：
2021
影响因子：
3.2
通讯作者：
Guttman, Miklos
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vorauer, Clint;Wrigley, Michael S.;Rincon Pabon, Juan P.;Watson, Michael J.;Mundorff, Charlie C.;Weis, David D.;Guttman, Miklos
氢/氘交换质谱 (HDX-MS) 是一种广泛使用的技术，用于探测蛋白质结构动力学、跟踪构象变化和绘制蛋白质-蛋白质相互作用图谱。大多数 HDX-MS 研究采用自下而上的方法，利用酸性活性蛋白酶胃蛋白酶来消化感兴趣的蛋白质，通常利用柱形式的固定化蛋白酶。蛋白水解裂解的程度将极大地影响数据质量，并成为 HDX-MS 研究中变异的主要来源。在这里，我们提出了一种简单的常用肽混合物，这些肽是胃蛋白酶的底物，可以作为胃蛋白酶柱活性的快速检查。基于肽的测定不需要系统修改，并提供即时读数以检查和基准不同 HDX-MS 平台上的胃蛋白酶活性。
Hydrogen/deuterium exchange with mass spectrometry (HDX-MS) is a widely used technique to probe protein structural dynamics, track conformational changes, and map protein–protein interactions. Most HDX-MS studies employ a bottom-up approach utilizing the acid active protease pepsin to digest the protein of interest, often utilizing immobilized protease in a column format. The extent of proteolytic cleavage will greatly influence data quality and presents a major source of variation in HDX-MS studies. Here, we present a simple cocktail of commonly available peptides that are substrates of pepsin and can serve as a rapid check of pepsin column activity. The peptide-based assay requires no system modifications and provides an immediate readout to check and benchmark pepsin activity across different HDX-MS platforms.